Hoàn thuế GTGT

Hoàn thuế GTGT là gì? Đây là hình thức cơ quan thuế hoàn lại số thuế giá trị gia tăng mà doanh nghiệp hoặc cá nhân đã nộp vượt, hoặc chưa khấu trừ hết từ đầu vào. Các trường hợp phổ biến bao gồm xuất khẩu, dự án đầu tư mới và doanh nghiệp chưa khấu trừ hết thuế đầu vào.

Hoàn thuế GTGT đóng vai trò quan trọng trong việc cải thiện dòng tiền, giúp tăng tính minh bạch tài chính và thúc đẩy hoạt động xuất khẩu. Bài viết sau đây sẽ đi sâu phân tích điều kiện, thủ tục, cách tính và ví dụ thực tế về hoàn thuế theo quy định mới nhất năm 2025 của Thông tư 80/2021 và các văn bản bổ sung.

Hoàn thuế GTGT là gì?

Hoàn thuế giá trị gia tăng là quá trình cơ quan thuế hoàn trả lại số tiền thuế mà tổ chức hoặc cá nhân đã nộp vào ngân sách nhà nước nhưng thuộc diện được hoàn theo quy định pháp luật. Đây là một trong những cơ chế tài chính nhằm đảm bảo tính công bằng và hợp lý trong việc thực hiện nghĩa vụ thuế.

Hoàn thuế GTGT khác với khấu trừ thuế. Nếu khấu trừ là việc trừ trực tiếp số thuế đầu vào hợp lệ vào nghĩa vụ thuế trong kỳ, thì hoàn thuế là việc người nộp thuế nhận lại khoản tiền đã nộp thừa hoặc phát sinh từ hoạt động xuất khẩu, đầu tư hoặc các trường hợp đặc thù khác.

Căn cứ pháp lý của thủ tục hoàn thuế GTGT được quy định rõ tại Điều 19 Luật Thuế giá trị gia tăng năm 2008, sửa đổi bổ sung năm 2014 và các văn bản hướng dẫn thi hành từ cơ quan quản lý thuế.

Khi nào được hoàn thuế GTGT?

Hoàn thuế GTGT khi xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ

Theo Khoản 1 Điều 19 Thông tư 80/2021/TT-BTC, doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ ra nước ngoài hoặc vào khu phi thuế quan sẽ được hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng các điều kiện về hóa đơn, chứng từ, tờ khai hải quan và thanh toán qua ngân hàng.

Hoàn thuế với dự án đầu tư mới

Khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC quy định dự án đầu tư mới đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, phát sinh thuế GTGT đầu vào từ 300 triệu đồng trở lên trong tháng hoặc quý sẽ được xét hoàn thuế.

Hoàn thuế khi còn dư thuế đầu vào chưa khấu trừ hết

Doanh nghiệp có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết sau 12 tháng hoặc 4 quý liên tục sẽ được hoàn nếu đáp ứng điều kiện về kê khai và nộp đúng hạn theo Điều 18 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

Cách tính hoàn thuế GTGT

Phương pháp tính hoàn thuế giá trị gia tăng dựa trên nguyên tắc so sánh giữa số thuế đầu vào và đầu ra trong kỳ kê khai. Công thức tính như sau:

Công thức cơ bản:

Số thuế GTGT được hoàn = Thuế GTGT đầu vào – Thuế GTGT đầu ra

• Nếu kết quả là số âm (thuế đầu vào lớn hơn thuế đầu ra), doanh nghiệp đủ điều kiện để đề nghị hoàn thuế.

• Nếu kết quả là số dương (thuế đầu ra lớn hơn thuế đầu vào), doanh nghiệp cần nộp thêm phần chênh lệch vào ngân sách nhà nước.

Ví dụ minh họa:

Để làm rõ cách áp dụng công thức hoàn thuế GTGT trong thực tế, dưới đây là một tình huống cụ thể mà doanh nghiệp có thể gặp phải trong quá trình kê khai thuế.

Trong kỳ tính thuế, doanh nghiệp phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào là 500 triệu đồng và số thuế đầu ra là 300 triệu đồng. Do thuế đầu vào lớn hơn đầu ra, chênh lệch 200 triệu đồng được xác định là số thuế được hoàn. Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp có thể làm thủ tục đề nghị hoàn thuế để nhận lại khoản này từ ngân sách nhà nước.

Ví dụ hoàn thuế GTGT thực tế

Doanh nghiệp xuất khẩu được hoàn thuế GTGT như thế nào

Xuất khẩu là một trong những trường hợp phổ biến được hoàn thuế GTGT theo quy định tại Điều 19 Luật Thuế GTGT và hướng dẫn tại Thông tư 219/2013/TT-BTC. Thuế suất GTGT áp dụng cho hàng hóa xuất khẩu là 0%, trong khi các chi phí đầu vào như nguyên liệu, dịch vụ logistics, vận chuyển… vẫn chịu thuế GTGT đầu vào từ 5% đến 10%.

Tình huống thực tế: Một doanh nghiệp chuyên xuất khẩu gạo phát sinh tổng thuế GTGT đầu vào là 800 triệu đồng trong kỳ. Doanh nghiệp này xuất khẩu khoảng 70% sản lượng, nên phần thuế đầu vào được phân bổ tương ứng và đủ điều kiện để hoàn thuế.

Kết quả hoàn: Doanh nghiệp được hoàn lại 560 triệu đồng, tương ứng với tỷ lệ hàng xuất khẩu chịu thuế suất 0%.

Điểm cần lưu ý: Để được hoàn thuế, doanh nghiệp phải có đầy đủ chứng từ thanh toán qua ngân hàng, hợp đồng xuất khẩu, tờ khai hải quan, cùng hóa đơn GTGT hợp lệ. Trường hợp chứng từ thiếu hoặc không khớp số liệu, hoàn thuế có thể bị tạm dừng hoặc truy thu.

Dự án đầu tư mới có được hoàn thuế không

Theo khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13, doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới trong lĩnh vực khuyến khích đầu tư hoặc tại địa bàn ưu đãi đầu tư có thể được hoàn thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ.

Tình huống thực tế: Một dự án xây dựng nhà máy sản xuất hàng tiêu dùng quy mô lớn tại tỉnh phía Nam có tổng số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư là 1,2 tỷ đồng. Trong giai đoạn đầu vận hành, doanh thu còn thấp, thuế đầu ra chỉ đạt 400 triệu đồng.

Kết quả hoàn: Phần chênh lệch là 800 triệu đồng sẽ được xem xét hoàn thuế nếu đáp ứng đủ điều kiện về hồ sơ pháp lý, giấy chứng nhận đầu tư, giấy phép xây dựng, hóa đơn đầu vào và chưa đi vào sản xuất kinh doanh đầy đủ.

Lưu ý quan trọng: Dự án đầu tư cần đảm bảo có mã số thuế riêng, tài khoản riêng và chưa đi vào hoạt động kinh doanh chính thức thì mới được xét hoàn thuế theo từng đợt đầu tư.

Doanh nghiệp bị dồn thuế GTGT đầu vào nhiều kỳ

Nhiều doanh nghiệp hoạt động thương mại hoặc dịch vụ không được hoàn thuế ngay trong từng kỳ, dẫn đến tình trạng dư thuế GTGT đầu vào nhiều tháng liên tiếp. Đây là tình huống khá phổ biến với các đơn vị có doanh thu chịu thuế GTGT thấp hoặc doanh thu không phát sinh.

Tình huống thực tế: Một doanh nghiệp kê khai thuế theo tháng, liên tục phát sinh thuế đầu vào lớn hơn đầu ra do đầu tư nâng cấp hệ thống, mua sắm thiết bị và dịch vụ công nghệ. Sau 6 tháng, số thuế GTGT chưa được khấu trừ đã tích lũy lên đến 300 triệu đồng.

Kết quả hoàn: Doanh nghiệp có thể nộp hồ sơ hoàn thuế đối với phần dư thuế đã tích lũy nếu không vi phạm về hóa đơn, chứng từ, nợ thuế hay các vấn đề pháp lý khác.

Vấn đề thường gặp: Nhiều trường hợp bị từ chối hoàn thuế do vi phạm về hóa đơn điện tử không hợp lệ, sai sót trong kê khai đầu vào hoặc đơn vị cung cấp hàng hóa dịch vụ không còn hoạt động. Đây là lý do doanh nghiệp cần kiểm tra định kỳ tính hợp pháp của nhà cung cấp trước khi lập hồ sơ hoàn thuế.

Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT

Không phải mọi khoản thuế giá trị gia tăng đầu vào đều đủ điều kiện hoàn trả. Theo quy định hiện hành, cơ quan thuế sẽ từ chối hoàn thuế nếu người nộp thuế vi phạm một trong các điều kiện hoặc thuộc các trường hợp loại trừ được nêu rõ tại Điều 20 Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Hóa đơn không hợp lệ hoặc không đủ điều kiện khấu trừ

Một trong những lý do phổ biến khiến hồ sơ hoàn thuế bị bác là do sử dụng hóa đơn GTGT không hợp lệ. Cụ thể:

• Hóa đơn không có đầy đủ các thông tin bắt buộc như mã số thuế, tên người bán, ngày lập hóa đơn.

• Hóa đơn không có chữ ký điện tử hợp lệ hoặc không được phát hành theo đúng quy định của pháp luật về hóa đơn điện tử.

• Hóa đơn đầu vào từ các doanh nghiệp bỏ trốn, ngừng hoạt động hoặc không còn địa chỉ kinh doanh.

Theo quy định, những hóa đơn này không được khấu trừ, do đó cũng không được dùng để hoàn thuế.

Giao dịch không phát sinh trên thực tế hoặc không thuộc diện hoàn thuế

Các trường hợp mua bán khống, kê khai hàng hóa dịch vụ không có thật hoặc lập hóa đơn sai mục đích, đều không được hoàn thuế. Ngoài ra, các khoản thuế đầu vào phát sinh từ hoạt động không thuộc diện được hoàn cũng bị loại trừ. Ví dụ:

• Hoạt động tiêu dùng nội bộ.

• Mua hàng để biếu, tặng mà không phục vụ sản xuất kinh doanh hàng hóa chịu thuế GTGT.

• Các giao dịch không có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (đối với trường hợp bắt buộc).

Hàng hóa dịch vụ không chịu thuế hoặc không chịu thuế đúng bản chất

Theo Điểm b Khoản 2 Điều 20 Thông tư 80/2021/TT-BTC, các trường hợp sau không được hoàn thuế:

“Người nộp thuế có hàng hóa, dịch vụ thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT, không thuộc đối tượng chịu thuế GTGT hoặc có hàng hóa, dịch vụ không phát sinh hoạt động bán ra thực tế, hoặc kê khai khấu trừ không đúng quy định.”

Điều này đồng nghĩa với việc, nếu doanh nghiệp đang hoạt động trong lĩnh vực bán hàng hóa không chịu thuế (như giáo dục, y tế không thu phí…) thì phần thuế đầu vào cũng không được xét hoàn, dù có hóa đơn hợp lệ.

Hành vi gian lận, trốn thuế

Nếu doanh nghiệp bị cơ quan thuế xác định có hành vi kê khai gian dối, lập hồ sơ khống để hoàn thuế, hồ sơ sẽ bị từ chối hoàn và có thể bị xử phạt, truy thu hoặc truy cứu trách nhiệm hình sự tùy mức độ vi phạm. Đây là điểm quan trọng các doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý khi lập hồ sơ hoàn thuế.

Cá nhân có được hoàn thuế VAT không?

Điều kiện hoàn thuế VAT cho cá nhân

• Cá nhân nước ngoài mua hàng tại Việt Nam có hóa đơn GTGT và rời khỏi Việt Nam trong thời gian không quá 60 ngày.
• Cửa hàng bán hàng phải là điểm hoàn thuế được Tổng cục Thuế công nhận.

Thủ tục hoàn thuế cho cá nhân

• Xuất trình hóa đơn, chứng từ gốc, hộ chiếu, hóa đơn chứng nhận mua hàng.
• Đăng ký với cơ quan hải quan và nhận tiền hoàn tại cửa khẩu hoặc qua ngân hàng trong vòng 60 ngày.

Quy định về hoàn thuế GTGT mới nhất năm 2025

Cơ chế hoàn thuế giá trị gia tăng đang ngày càng được hoàn thiện nhằm đảm bảo minh bạch, rút ngắn thời gian xử lý và ứng dụng công nghệ trong quản lý thuế. Năm 2025, một số quy định mới đã được ban hành nhằm cải tiến quy trình hoàn thuế theo hướng thuận tiện hơn cho người nộp thuế.

Căn cứ pháp lý hiện hành

Các quy định về hoàn thuế GTGT được cập nhật theo hệ thống văn bản pháp luật sau:

• Thông tư 80/2021/TT-BTC ngày 29/9/2021 của Bộ Tài chính hướng dẫn về quản lý thuế đối với doanh nghiệp có hoạt động hoàn thuế.

• Luật Quản lý thuế năm 2019, được sửa đổi bổ sung một số điều năm 2022, trong đó quy định về quyền, nghĩa vụ của người nộp thuế và trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc xử lý hoàn thuế.

• Công văn số 1164/TCT-KK ngày 05/6/2025 của Tổng cục Thuế về việc hướng dẫn cập nhật quy trình giải quyết hoàn thuế qua hệ thống điện tử.

Những điểm mới nổi bật trong hoàn thuế GTGT năm 2025

Các thay đổi trong năm 2025 cho thấy xu hướng chuyển đổi số mạnh mẽ trong quản lý thuế. Việc rút ngắn thời gian giải quyết từ 10 xuống còn 5 ngày làm việc và chuyển đổi hoàn toàn sang hình thức nộp hồ sơ điện tử không chỉ giúp tiết kiệm chi phí và thời gian cho doanh nghiệp mà còn giảm thiểu rủi ro về mặt pháp lý trong việc kiểm tra chứng từ. Đồng thời, cơ chế kiểm tra điện tử thay thế hậu kiểm thủ công giúp tăng tính minh bạch và hiệu quả của cơ quan thuế trong khâu giám sát.

Quy trình hoàn thuế GTGT chi tiết năm 2025

Thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng hiện nay được thực hiện hoàn toàn trên môi trường điện tử, giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian và minh bạch hóa quy trình tiếp nhận hồ sơ. Dưới đây là các bước cơ bản để doanh nghiệp thực hiện hoàn thuế GTGT:

Bước 1: Chuẩn bị hồ sơ đầy đủ và đúng quy định

Doanh nghiệp cần chuẩn bị các tài liệu cần thiết theo quy định tại Điều 28 Thông tư 80/2021/TT-BTC. Tùy theo loại hình hoàn thuế (xuất khẩu, đầu tư mới, dự án ODA…), hồ sơ có thể bao gồm:

• Tờ khai thuế GTGT kỳ phát sinh đề nghị hoàn

• Bảng kê hóa đơn chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào

• Hợp đồng xuất khẩu và tờ khai hải quan (nếu là hoàn thuế với hàng xuất khẩu)

• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (ủy nhiệm chi, sao kê ngân hàng…)

• Giải trình về tình hình sản xuất kinh doanh nếu được yêu cầu

Bước 2: Nộp hồ sơ qua cổng thông tin điện tử

Doanh nghiệp thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế thông qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế tại địa chỉ: https://thuedientu.gdt.gov.vn

Tại đây, người nộp thuế đăng nhập bằng tài khoản đã đăng ký với cơ quan thuế, chọn mục “Hoàn thuế điện tử”, tải lên hồ sơ và ký xác nhận bằng chữ ký số.

Bước 3: Cơ quan thuế tiếp nhận và xử lý hồ sơ

Trong vòng 05 ngày làm việc kể từ khi nhận đủ hồ sơ hợp lệ, cơ quan thuế sẽ thực hiện rà soát và đánh giá tính đầy đủ, chính xác của hồ sơ. Nếu không phát hiện rủi ro, cơ quan thuế sẽ ra quyết định hoàn thuế ngay trong kỳ mà không cần kiểm tra trước.

Trường hợp hồ sơ có nghi vấn hoặc thuộc diện kiểm tra trước hoàn, thời gian xử lý có thể kéo dài thêm và doanh nghiệp sẽ nhận được thông báo cụ thể.

Bước 4: Nhận tiền hoàn thuế

Sau khi có quyết định hoàn, khoản tiền hoàn thuế sẽ được chuyển trực tiếp vào tài khoản ngân hàng của doanh nghiệp đã đăng ký với cơ quan thuế. Việc chuyển tiền thường được thực hiện trong 1–2 ngày làm việc sau khi có quyết định.

Những lỗi phổ biến khiến hồ sơ hoàn thuế bị từ chối

Dù thực hiện đúng quy trình, nhiều doanh nghiệp vẫn gặp phải tình trạng hồ sơ hoàn thuế bị từ chối hoặc kéo dài xử lý do các sai sót phổ biến sau:

• Hóa đơn không hợp lệ hoặc bị trùng lặp: Doanh nghiệp sử dụng hóa đơn GTGT có sai sót về định danh, không có mã xác thực điện tử, hoặc hóa đơn bị khai trùng trong nhiều kỳ tính thuế sẽ bị từ chối khấu trừ và hoàn.
• Thiếu tờ khai hải quan đối với hàng xuất khẩu:Đối với hồ sơ hoàn thuế từ hoạt động xuất khẩu, tờ khai hải quan điện tử là chứng từ bắt buộc. Trường hợp không có bản chính, thiếu thông tin hoặc không khớp dữ liệu với hệ thống Hải quan sẽ bị bác hoàn.
• Không chứng minh được thanh toán không dùng tiền mặt: Theo quy định tại Điều 15 Thông tư 219/2013/TT-BTC, các khoản chi từ 20 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Việc thiếu sao kê, ủy nhiệm chi hoặc thanh toán bằng tiền mặt sẽ khiến khoản thuế tương ứng không được hoàn.

Kết luận và khuyến nghị

Hoàn thuế giá trị gia tăng không chỉ là quyền lợi chính đáng của doanh nghiệp mà còn là công cụ tài chính hiệu quả giúp cải thiện dòng tiền, tối ưu chi phí vận hành và nâng cao năng lực cạnh tranh.

Để tận dụng tối đa lợi ích từ chính sách hoàn thuế, doanh nghiệp cần lưu ý:

• Chuẩn bị hồ sơ minh bạch, đảm bảo hóa đơn chứng từ hợp lệ theo đúng quy định pháp luật.

• Chủ động cập nhật các văn bản hướng dẫn mới, tránh bị chậm trễ trong xử lý hồ sơ hoặc bị từ chối hoàn thuế vì thiếu sót.

• Xây dựng quy trình kế toán – thuế rõ ràng, có sự đối chiếu thường xuyên giữa sổ sách nội bộ và tờ khai thuế.

Trong bối cảnh các quy định thuế ngày càng chặt chẽ và công nghệ hóa mạnh mẽ, việc có một đơn vị chuyên trách hỗ trợ hồ sơ hoàn thuế là lựa chọn chiến lược của nhiều doanh nghiệp.

MAN – Master Accountant Network với đội ngũ chuyên gia nhiều năm kinh nghiệm trong lĩnh vực thuế – kế toán, sẵn sàng đồng hành và hỗ trợ doanh nghiệp từ khâu rà soát hồ sơ đến khi nhận được quyết định hoàn thuế thành công.

Liên hệ MAN – Master Accountant Network

• Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
• Điện thoại / Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• Email: man@man.net.vn

Liên kết tham khảo hữu ích

• Dịch vụ kế toán trọn gói MAN
• Thông tư 80/2021/TT-BTC – Bộ Tài chính