Miễn giảm thuế cho dự án đầu tư là một trong những cơ chế đòn bẩy tài chính quan trọng nhất mà Chính phủ áp dụng nhằm thu hút nguồn vốn và thúc đẩy sản xuất kinh doanh. Việc xác định đúng thời điểm bắt đầu và kết thúc kỳ ưu đãi không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng pháp luật mà còn là chìa khóa để tối ưu hóa nghĩa vụ thuế Thu nhập doanh nghiệp (TNDN) trong dài hạn.
Trong bối cảnh Luật số 67/2025 vừa có hiệu lực, các quy định về điều khoản chuyển tiếp và cách tính kỳ miễn giảm thuế cho dự án đầu tư đã có những thay đổi đáng kể so với giai đoạn trước. Doanh nghiệp cần nắm vững các mốc thời gian từ khi có thu nhập chịu thuế đến khi phát sinh doanh thu để không bỏ lỡ quyền lợi chính đáng của mình. Mời bạn cùng MAN – Master Accountant Network phân tích chi tiết lộ trình thực hiện dưới đây.
Cơ sở pháp lý và điều kiện áp dụng miễn giảm thuế cho dự án đầu tư
Việc thực hiện chính sách miễn giảm thuế cho dự án đầu tư hiện nay được điều chỉnh bởi hệ thống văn bản quy phạm pháp luật chặt chẽ, đặc biệt là Luật Thu nhập doanh nghiệp và các Nghị định hướng dẫn thi hành. Để được hưởng ưu đãi, dự án của doanh nghiệp phải đáp ứng các tiêu chí về lĩnh vực ưu đãi đầu tư, địa bàn ưu đãi hoặc quy mô vốn đầu tư theo quy định.
Căn cứ vào Điều 20 Luật số 67/2025, doanh nghiệp có dự án đầu tư đã được cấp phép trước thời điểm luật mới có hiệu lực vẫn tiếp tục được hưởng các ưu đãi theo giấy phép đã cấp. Đây là nguyên tắc bảo hộ quyền lợi nhà đầu tư, giúp các đơn vị yên tâm triển khai dự án mà không lo ngại sự biến động bất lợi của chính sách thuế tại thời điểm chuyển giao.
Đối tượng được hưởng ưu đãi thuế TNDN
Các đối tượng được hưởng miễn giảm thuế cho dự án đầu tư thường bao gồm các doanh nghiệp thành lập mới từ dự án đầu tư tại địa bàn có điều kiện kinh tế – xã hội đặc biệt khó khăn, khu kinh tế, hoặc khu công nghệ cao. Ngoài ra, các dự án thuộc lĩnh vực công nghệ cao, bảo vệ môi trường, phần mềm cũng là trọng tâm của chính sách này.
Điều kiện về thủ tục hành chính
Doanh nghiệp phải có Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Giấy phép đầu tư hợp lệ. Việc thực hiện miễn giảm thuế cho dự án đầu tư phải được kê khai minh bạch trong báo cáo quyết toán thuế hàng năm. Doanh nghiệp tự xác định các điều kiện ưu đãi, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế để tự kê khai và tự nộp thuế theo quy định.
Cách xác định thời gian bắt đầu kỳ miễn giảm thuế cho dự án đầu tư
Điểm mấu chốt trong quản trị thuế là xác định chính xác “năm đầu tiên” được hưởng miễn giảm thuế cho dự án đầu tư. Theo quy định thông thường, thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế.
Trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mới thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư. Đây là quy định nhằm hỗ trợ các dự án có thời gian đầu tư xây dựng cơ bản kéo dài hoặc cần thời gian thâm nhập thị trường trước khi phát sinh lợi nhuận.
Trường hợp có thu nhập chịu thuế ngay từ năm đầu
Nếu dự án phát sinh thu nhập chịu thuế ngay trong năm đầu tiên đi vào hoạt động, năm đó sẽ được tính là năm thứ nhất của kỳ miễn giảm thuế cho dự án đầu tư. Ví dụ, dự án bắt đầu có lãi từ tháng 10/2024 thì năm 2024 chính là năm bắt đầu tính thời gian miễn thuế.
Trường hợp chưa có thu nhập chịu thuế (Quy tắc 3 năm)
Đối với các dự án chưa phát sinh thu nhập chịu thuế, kỳ miễn giảm thuế cho dự án đầu tư sẽ bị khống chế bởi mốc thời gian 3 năm kể từ khi có doanh thu. Điều này đòi hỏi kế toán phải theo dõi sát sao thời điểm ghi nhận hóa đơn doanh thu đầu tiên để xác lập lộ trình thuế cho 5-10 năm tiếp theo.
Phân tích tình huống thực tế về lộ trình miễn giảm thuế cho dự án đầu tư
Dựa trên câu hỏi của doanh nghiệp về dự án được cấp phép tháng 11/2024, chúng ta cần phân tích lộ trình miễn giảm thuế cho dự án đầu tư một cách khoa học. Việc xác định năm 2026 là năm miễn thuế thứ hai hay không phụ thuộc hoàn toàn vào thời điểm phát sinh thu nhập chịu thuế hoặc doanh thu của đơn vị đó.
| Chỉ tiêu | Năm 2024 | Năm 2025 | Năm 2026 | Năm 2027 | Năm 2028 | Năm 2029 |
| Trạng thái tài chính | Bắt đầu có lãi | Có lãi | Có lãi | Hoạt động | Hoạt động | Hoạt động |
| Chính sách áp dụng | Miễn thuế (Năm 1) | Miễn thuế (Năm 2) | Giảm 50% (Năm 1) | Giảm 50% (Năm 2) | Giảm 50% (Năm 3) | Giảm 50% (Năm 4) |
Nếu doanh nghiệp của bạn bắt đầu có thu nhập chịu thuế từ năm 2024, thì việc thực hiện miễn giảm thuế cho dự án đầu tư sẽ bắt đầu từ kỳ tính thuế 2024. Khi đó, năm 2024 và 2025 là 02 năm miễn thuế; từ năm 2026 đến 2029 sẽ là 04 năm giảm 50% thuế TNDN phải nộp. Do đó, khẳng định năm 2026 là năm miễn thuế thứ hai trong câu hỏi là chưa chính xác nếu năm 2024 đã có lãi.
Điều khoản chuyển tiếp theo Luật số 67/2025 về miễn giảm thuế cho dự án đầu tư
Luật 67/2025 mang đến sự linh hoạt tối đa cho người nộp thuế. Theo khoản 1 Điều 20, doanh nghiệp được quyền lựa chọn hưởng ưu đãi về thuế suất và thời gian miễn giảm thuế cho dự án đầu tư theo pháp luật tại thời điểm cấp phép hoặc theo pháp luật mới cho thời gian còn lại. Đây là một “quyền lợi mở” giúp doanh nghiệp tự tối ưu hóa bài toán tài chính của mình.
Việc áp dụng miễn giảm thuế cho dự án đầu tư theo Luật mới từ kỳ tính thuế năm 2025 áp dụng cho các dự án trước đây không thuộc diện ưu đãi nhưng nay lại đáp ứng điều kiện. Điều này mở ra cơ hội cho nhiều doanh nghiệp trong lĩnh vực công nghệ xanh, kinh tế tuần hoàn được tiếp cận với các mức thuế suất ưu đãi mà trước đó họ chưa từng được hưởng.
Lựa chọn phương án ưu đãi có lợi nhất
Khi có sự thay đổi luật, kế toán cần lập bảng so sánh lợi ích kinh tế giữa hai phương án. Việc chuyển đổi sang luật mới để hưởng miễn giảm thuế cho dự án đầu tư cần được xem xét dựa trên lợi nhuận dự kiến trong những năm tới. Đôi khi, giữ nguyên ưu đãi cũ lại có lợi hơn nếu thời gian miễn thuế sắp kết thúc.
Quy trình thông báo thay đổi với cơ quan thuế
Mặc dù doanh nghiệp tự xác định ưu đãi, nhưng khi áp dụng điều khoản chuyển tiếp về miễn giảm thuế cho dự án đầu tư, doanh nghiệp nên lưu trữ đầy đủ hồ sơ chứng minh sự đáp ứng điều kiện của luật mới. Mọi sự thay đổi trong cách tính thuế phải được phản ánh rõ ràng trong thuyết minh báo cáo tài chính và hồ sơ quyết toán thuế TNDN.
Những lưu ý trọng yếu khi thực hiện miễn giảm thuế cho dự án đầu tư
Trong quá trình tư vấn thuế, MAN nhận thấy nhiều lỗi phổ biến mà doanh nghiệp thường mắc phải khi áp dụng miễn giảm thuế cho dự án đầu tư. Một trong số đó là việc không tách bạch được thu nhập từ hoạt động được ưu đãi và hoạt động không được ưu đãi. Theo quy định, ưu đãi thuế chỉ áp dụng cho phần thu nhập từ dự án đầu tư đáp ứng điều kiện.
Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng miễn giảm thuế cho dự án đầu tư. Trường hợp không hạch toán riêng được thì thu nhập từ hoạt động này được xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc tỷ lệ chi phí được trừ của hoạt động được hưởng ưu đãi trên tổng doanh thu/chi phí của doanh nghiệp.
Phân bổ chi phí và doanh thu dùng chung
Việc phân bổ chi phí không hợp lý có thể dẫn đến rủi ro bị truy thu thuế. Khi thực hiện miễn giảm thuế cho dự án đầu tư, doanh nghiệp cần có bộ tiêu chí phân bổ chi phí quản lý, chi phí tài chính rõ ràng, nhất quán qua các năm để giải trình trước cơ quan thanh tra thuế.
Chế độ kế toán và hóa đơn chứng từ
Một hệ thống hóa đơn chứng từ lộn xộn là rào cản lớn nhất để bảo vệ quyền lợi miễn giảm thuế cho dự án đầu tư. Mọi giao dịch liên quan đến dự án ưu đãi cần được gắn mã dự án hoặc mã trung tâm chi phí trong phần mềm kế toán để dễ dàng trích xuất dữ liệu khi quyết toán.
Kết luận
Miễn giảm thuế cho dự án đầu tư là một hành trình dài hạn đòi hỏi sự am hiểu sâu sắc về luật pháp và kỹ năng xử lý số liệu kế toán chính xác. Việc xác định sai kỳ ưu đãi có thể dẫn đến những hệ lụy tài chính nghiêm trọng như bị truy thu thuế, phạt chậm nộp và ảnh hưởng đến uy tín của doanh nghiệp trên thị trường.
Tại MAN – Master Accountant Network, chúng tôi cung cấp hệ sinh thái dịch vụ chuyên nghiệp bao gồm dịch vụ kiểm toán, kế toán thuế, dịch vụ tư vấn thuế chuyên sâu. Đội ngũ chuyên gia của chúng tôi sẽ đồng hành cùng quý doanh nghiệp trong việc rà soát hồ sơ, xác định lộ trình miễn giảm thuế cho dự án đầu tư tối ưu nhất, đồng thời hỗ trợ thực hiện quyết toán thuế và báo cáo thuế một cách minh bạch, an toàn trước mọi kỳ thanh tra.
Thông tin liên hệ dịch vụ tại MAN – Master Accountant Network
- Địa chỉ: Số 19A, đường 43, phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- Email: man@man.net.vn
Phụ trách sản xuất nội dung bởi: Ông Lê Hoàng Tuyên – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong ngành Kế toán, Kiểm toán và Tư vấn Tài chính.
Câu hỏi thường gặp về miễn giảm thuế cho dự án đầu tư
Thông thường, mỗi giai đoạn đầu tư mở rộng nếu đáp ứng điều kiện sẽ được tính là một dự án đầu tư mở rộng riêng biệt. Việc miễn giảm thuế cho dự án đầu tư mở rộng sẽ có lộ trình riêng tính từ năm có thu nhập chịu thuế của phần đầu tư mở rộng đó.
Thời gian miễn giảm thuế cho dự án đầu tư được tính liên tục. Nếu doanh nghiệp có thu nhập chịu thuế nhưng bị lỗ ở các năm tiếp theo thì thời gian ưu đãi vẫn tiếp tục trôi đi, không được tạm dừng hay lùi lại.
Không. Thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền góp vốn... thường không thuộc diện hưởng miễn giảm thuế cho dự án đầu tư và phải nộp thuế theo mức thuế suất phổ thông. Nếu dự án đầu tư có nhiều giai đoạn thì xác định kỳ miễn giảm thuế như thế nào?
Doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi nhưng bị lỗ thì thời gian miễn thuế có được lùi lại không?
Thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản có được tính vào diện miễn giảm thuế cho dự án đầu tư không?
