Công văn 12003/NBI-QLDN3 do Thuế tỉnh Ninh Bình ban hành ngày 14/09/2026 đã mang lại căn cứ pháp lý quan trọng cho các doanh nghiệp thương mại xuất khẩu tại Việt Nam. Văn bản này làm rõ cơ chế khấu trừ và hoàn thuế giá trị gia tăng đối với trường hợp mua hàng hóa từ các nhà cung cấp nội địa để xuất khẩu ra thị trường quốc tế.
Sự ban hành của hướng dẫn này giúp cộng đồng doanh nghiệp giải tỏa nhiều vướng mắc tồn đọng trong quá trình lập hồ sơ hoàn thuế. Thông qua việc viện dẫn trực tiếp Điều 14, Điều 15 Value Added Tax Law 2024 cùng Điều 18, Điều 29 Decree 181/2025/ND-CP, văn bản định hình chuẩn mực tuân thủ để tránh rủi ro bị xuất toán hoặc thu hồi tiền hoàn thuế.
Tóm tắt trọng tâm về Công văn 12003/NBI-QLDN3
- Công văn 12003/NBI-QLDN3 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ do Thuế tỉnh Ninh Bình ban hành ngày 14/09/2026 nhằm xác nhận điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng cho doanh nghiệp mua hàng hóa trong nước để xuất khẩu.
- Văn bản áp dụng cho các cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ có phát sinh hoạt động xuất khẩu thương mại. Doanh nghiệp cần tham chiếu ngay khi chuẩn bị hồ sơ hoàn thuế GTGT đầu vào để đảm bảo tính hợp pháp và tối ưu dòng tiền.
Công văn 12003/NBI-QLDN3 quy định điều gì về hoàn thuế GTGT hàng mua trong nước xuất khẩu?
Công văn 12003/NBI-QLDN3 trả lời chính thức về chính sách hoàn thuế đối với mô hình mua hàng nội địa rồi xuất khẩu. Cơ quan thuế khẳng định doanh nghiệp hoàn toàn đủ điều kiện được hoàn thuế giá trị gia tăng đầu vào nếu đáp ứng trọn vẹn các quy định pháp luật hiện hành.
Nội dung chỉ đạo nêu rõ: Đối với trường hợp Công ty mua hàng hóa từ các doanh nghiệp trong nước sau đó xuất khẩu ra thị trường nước ngoài, nếu đáp ứng đủ các điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào và điều kiện về VAT refund đối với hàng hóa xuất khẩu theo quy định tại Điều 14, Điều 15 Luật Thuế Giá trị gia tăng 2024, Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP và các văn bản sửa đổi, bổ sung thì đủ điều kiện được hoàn thuế giá trị gia tăng.
Cơ quan thuế đề nghị doanh nghiệp căn cứ tình hình hoạt động thực tế, đối chiếu các quy định liên quan để thực hiện theo đúng chuẩn mực pháp lý.
Căn cứ pháp lý nền tảng của Công văn 12003/NBI-QLDN3
Văn bản nghiệp vụ này được xây dựng trên hệ thống văn bản quy phạm pháp luật mới nhất về VAT, include:
- Điều 14 Luật Thuế Giá trị gia tăng 2024 quy định chi tiết về nguyên tắc và điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào.
- Điều 15 Luật Thuế Giá trị gia tăng 2024 quy định các trường hợp và điều kiện hoàn thuế GTGT.
- Điều 18 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định nguyên tắc xác định thuế GTGT đầu vào được khấu trừ.
- Điều 29 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu.
- Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 2 Điều 1 Nghị định 359/2025/NĐ-CP) quy định các điều kiện chung đối với cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế.
Ý nghĩa của việc làm rõ cơ chế hoàn thuế thương mại
Nội dung cốt lõi xác định rằng việc mua hàng từ doanh nghiệp trong nước không làm thay đổi bản chất được hưởng thuế suất 0% và hoàn thuế GTGT khi xuất khẩu. Yếu tố quyết định nằm ở tính hợp pháp của hóa đơn đầu vào và sự minh bạch trong hồ sơ hải quan.
Doanh nghiệp không bị hạn chế quyền hoàn thuế chỉ vì không trực tiếp sản xuất ra hàng hóa đó. Tuy nhiên, nghĩa vụ chứng minh chuỗi cung ứng hợp lệ và các chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt lại trở thành bắt buộc.
Vai trò của Công văn 12003/NBI-QLDN3 trong quản trị rủi ro thuế doanh nghiệp
Công văn 12003/NBI-QLDN3 đóng vai trò như kim chỉ nam giúp doanh nghiệp định hướng công tác kê khai và lập hồ sơ hoàn thuế. Việc nắm vững văn bản này giúp doanh nghiệp loại bỏ các rủi ro pháp lý phát sinh do hiểu sai quy định.
Đối với bộ phận tài chính kế toán, hướng dẫn này cung cấp cơ sở để rà soát lại toàn bộ hệ thống hóa đơn đầu vào từ các nhà cung cấp nội địa. Việc chuẩn hóa chứng từ ngay từ khâu mua vào giúp giảm thiểu thời gian kiểm tra của cơ quan thuế.
Các chuyên gia tại MAN với 30 năm kinh nghiệm lưu ý rằng rủi ro lớn nhất của doanh nghiệp thương mại xuất khẩu nằm ở tính tuân thủ của các nhà cung cấp phía trước. Nếu đối tác nội địa vi phạm pháp luật thuế, hồ sơ hoàn thuế của bên xuất khẩu sẽ bị ảnh hưởng nghiêm trọng.
Sự rõ ràng trong chỉ đạo của Thuế tỉnh Ninh Bình giúp doanh nghiệp chủ động xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ. Điều này đảm bảo tiền hoàn thuế được giải quyết nhanh chóng, hỗ trợ tích cực cho thanh khoản và vốn lưu động của doanh nghiệp.
Đối tượng nào chịu tác động trực tiếp bởi Công văn 12003/NBI-QLDN3?
Công văn 12003/NBI-QLDN3 tác động trực tiếp đến các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực thương mại xuất khẩu trên phạm vi cả nước. Những đơn vị không trực tiếp gia công mà đóng vai trò mua đi bán lại ra thị trường nước ngoài thuộc nhóm đối tượng trọng tâm.
Các nhà cung cấp hàng hóa nội địa cho doanh nghiệp xuất khẩu cũng chịu ảnh hưởng gián tiếp. Họ bắt buộc phải nâng cao tính tuân thủ pháp luật thuế, phát hành hóa đơn điện tử hợp lệ và duy trì trạng thái hoạt động kinh doanh bình thường.
Các cơ quan quản lý thuế địa phương sử dụng hướng dẫn này để thống nhất phương pháp kiểm tra và phân loại hồ sơ hoàn thuế. Việc áp dụng đồng bộ giúp giảm thiểu các tranh chấp không đáng có giữa người nộp thuế và cán bộ kiểm tra.
Các đơn vị tư vấn và đại lý thuế cũng cần cập nhật nội dung này để định hướng giải pháp tối ưu cho khách hàng. Mọi mắt xích trong chuỗi xuất khẩu đều cần thấu hiểu các điều kiện kèm theo để vận hành an toàn.
Điều kiện hoàn thuế GTGT hiện nay theo Nghị định 181/2025/NĐ-CP và Nghị định 359/2025/NĐ-CP
Để được giải quyết hoàn thuế theo hướng dẫn tại Công văn 12003/NBI-QLDN3, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện cơ bản quy định tại Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP (được sửa đổi bởi khoản 2 Điều 1 Nghị định 359/2025/NĐ-CP).
Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế quy định tại Mục 3 Nghị định 181/2025/NĐ-CP phải đáp ứng trọn vẹn 3 nhóm điều kiện sau đây:
Điều kiện về tư cách pháp lý, phương pháp tính thuế và tài khoản ngân hàng
Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại các Điều 29, Điều 30, Điều 31, Điều 32 Nghị định 181/2025/NĐ-CP phải đáp ứng:
- Phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế.
- Lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo đúng quy định của pháp luật về kế toán.
- Có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng đã đăng ký theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh.
Điều kiện về khấu trừ thuế GTGT đầu vào
Cơ sở kinh doanh phải đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn khấu trừ bao gồm:
- Đáp ứng quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo quy định tại Mục 2 Chương III Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
- Không thuộc trường hợp bị loại trừ khấu trừ quy định tại khoản 15 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP.
- Hóa đơn mua vào đảm bảo tính hợp pháp, có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đầy đủ và phát hành bởi nhà cung cấp hoạt động bình thường.
Điều kiện tại thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế và thủ tục khai thuế
Tại thời điểm nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT, doanh nghiệp bắt buộc phải hoàn tất các thủ tục:
- Thuộc đúng trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định của pháp luật.
- Có số thuế giá trị gia tăng đầu vào đáp ứng đầy đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định tại Mục này.
- Tuân thủ nghiêm ngặt các quy định về khai thuế theo pháp luật về quản lý thuế.
- Lập hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng đối với từng trường hợp hoàn thuế giá trị gia tăng và gửi đến cơ quan thuế có thẩm quyền tiếp nhận.
Cơ quan thuế sẽ tiến hành phân loại hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng thuộc diện hoàn thuế trước hoặc kiểm tra trước hoàn thuế và giải quyết hồ sơ theo đúng quy định của pháp luật về quản lý thuế.
8 Hành vi bị nghiêm cấm trong khấu trừ và hoàn thuế GTGT theo Luật Thuế GTGT 2024
Căn cứ Điều 13 Luật Thuế Giá trị gia tăng 2024, Nhà nước quy định nghiêm cấm 8 nhóm hành vi sau đây trong hoạt động khấu trừ và hoàn thuế GTGT:
- Mua, cho, bán, tổ chức quảng cáo, môi giới mua, bán hóa đơn, chứng từ: Nghiêm cấm mọi hành vi giao dịch trái phép hóa đơn dưới bất kỳ hình thức nào.
- Tạo lập giao dịch giả mạo: Creating transactions for the purchase or sale of goods or provision of services that do not exist, or transactions that are not in accordance with the law.
- Lập hóa đơn trong thời gian tạm ngừng hoạt động: Issuing invoices for the sale of goods and provision of services during the period of temporary business suspension, except for issuing invoices to customers to fulfill contracts signed before the date of notification of temporary business suspension.
- Using illegal invoices and documents: Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp hoặc sử dụng không hợp pháp hóa đơn, chứng từ theo quy định của Chính phủ để kê khai, khấu trừ, hoàn thuế.
- Không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử: Cố tình không chuyển hoặc làm gián đoạn việc truyền dữ liệu hóa đơn điện tử về cơ quan thuế theo quy định.
- Xâm phạm hệ thống dữ liệu thuế: Falsifying, misusing, unauthorized access to, or destroying information systems related to invoices and documents.
- Hành vi hối lộ và trục lợi tiền thuế: Giving, receiving, or brokering bribes, or engaging in other acts related to invoices and documents to obtain tax deductions, tax refunds, misappropriate tax money, or evade value-added tax.
- Thông đồng, bao che giữa cán bộ thuế và doanh nghiệp: Collusion and cover-up; connivance between tax officials, tax authorities, and businesses/importers; and between businesses/importers in the use of illegal invoices and documents; the illegal use of invoices and documents to obtain tax deductions, tax refunds, misappropriate tax money, and evade value-added tax.
Tỷ lệ % để tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp trực tiếp hiện nay
Mặc dù hoàn thuế xuất khẩu áp dụng cho doanh nghiệp nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, các đơn vị kinh doanh vẫn cần nắm rõ quy định về phương pháp trực tiếp để hoạch định mô hình tài chính phù hợp.
Căn cứ điểm b khoản 2 Điều 12 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, tỷ lệ % để tính thuế giá trị gia tăng theo phương pháp tính trực tiếp trên doanh thu được quy định cụ thể như sau:
- Phân phối, cung cấp hàng hóa: Tỷ lệ tính thuế là 1%.
- Dịch vụ, xây dựng không bao thầu nguyên vật liệu: Tỷ lệ tính thuế là 5%.
- Sản xuất, vận tải, dịch vụ có gắn với hàng hóa, xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu: Tỷ lệ tính thuế là 3%.
- Hoạt động kinh doanh khác: Tỷ lệ tính thuế là 2%.
Bảng tổng hợp quy định pháp lý liên quan đến Công văn 12003/NBI-QLDN3
Dưới đây là bảng hệ thống hóa các văn bản pháp lý then chốt điều chỉnh hoạt động hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa mua trong nước xuất khẩu:
| Văn bản pháp lý / Số hiệu | Issuing authority | Date of issuance | Content adjustments focus |
| Công văn 12003/NBI-QLDN3 | Ninh Binh Provincial Tax | 14/09/2026 | Hướng dẫn hoàn thuế GTGT đối với trường hợp mua hàng trong nước xuất khẩu. |
| VAT Law 2024 | National Assembly | 2024 | Quy định tỷ lệ % phương pháp trực tiếp (Điều 12), các hành vi nghiêm cấm (Điều 13), điều kiện khấu trừ (Điều 14) và hoàn thuế (Điều 15). |
| Decree 181/2025/ND-CP | Government | 2025 | Quy định chi tiết thi hành Luật Thuế GTGT, điều kiện khấu trừ (Điều 18, 23) và hoàn thuế xuất khẩu (Điều 29). |
| Decree 359/2025/ND-CP | Government | 2025 | Sửa đổi, bổ sung khoản 2 Điều 1 sửa đổi Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP về 3 nhóm điều kiện hoàn thuế GTGT. |
Case study thực tế: Giải pháp hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp xuất khẩu nông sản
Để minh họa cụ thể tinh thần của Công văn 12003/NBI-QLDN3, hãy xét trường hợp thực tế của Công ty Cổ phần Nông sản An Nam (tên doanh nghiệp đã được thay đổi). Công ty thu mua cà phê hạt từ 5 nhà máy chế biến nội địa tại Tây Nguyên rồi xuất khẩu sang thị trường Châu Âu.
Trong kỳ hoàn thuế quý 2, Công ty An Nam nộp hồ sơ đề nghị hoàn 6,2 tỷ đồng thuế GTGT đầu vào. Quá trình kiểm tra dữ liệu, cơ quan thuế phát hiện 1 trong 5 nhà cung cấp đầu vào dừng hoạt động kinh doanh và không kê khai thuế kỳ gần nhất.
Đứng trước nguy cơ toàn bộ hồ sơ 6,2 tỷ đồng bị dừng giải quyết để kiểm tra, doanh nghiệp đã chủ động kết hợp cùng chuyên gia từ MAN – Master Accountant Network để đưa ra phương án xử lý rủi ro.
| Tiêu chí kiểm tra | Tình trạng ban đầu | Solutions from MAN – Master Accountant Network | Results achieved |
| Hợp đồng mua vào | Hợp đồng nguyên tắc đầy đủ | Bổ sung phụ lục chi tiết, biên bản cân hàng và phiếu xuất kho | Chứng minh giao dịch có thật 100% |
| Payment documents | Chuyển khoản qua ngân hàng | Trích xuất sao kê ngân hàng đối chiếu khớp lệnh với từng hóa đơn | Đạt điều kiện thanh toán không dùng tiền mặt |
| Nhà cung cấp rủi ro | 1 đối tác ngừng hoạt động (nghi ngờ rủi ro) | Lập văn bản kiến nghị tách riêng 800 triệu thuế liên quan để xác minh độc lập | Giải phóng 5,4 tỷ đồng hoàn thuế an toàn |
Nhờ viện dẫn đúng tinh thần hướng dẫn của Công văn 12003/NBI-QLDN3 và quy trình bóc tách rủi ro của MAN, Công ty An Nam đã nhanh chóng nhận tiền hoàn thuế 5,4 tỷ đồng để tiếp tục quay vòng vốn kinh doanh.
Nhận định chuyên gia từ MAN về rủi ro thuế và giải pháp hoàn thuế an toàn
Hoàn thuế GTGT đối với mô hình mua hàng nội địa xuất khẩu là một trong những mảng nghiệp vụ chịu sự giám sát chặt chẽ nhất từ cơ quan thuế. Cơ quan quản lý không chỉ kiểm tra hồ sơ trực tiếp của doanh nghiệp xuất khẩu mà còn tiến hành truy xuất chuỗi nhà cung cấp F1, F2.
Theo góc nhìn từ MAN, sai lầm phổ biến nhất của các doanh nghiệp là thiếu quy trình kiểm tra năng lực pháp lý của đối tác bán hàng. Khi nhà cung cấp F1 bỏ trốn hoặc vi phạm hóa đơn, doanh nghiệp xuất khẩu dù mua hàng thật vẫn bị tạm dừng hoàn thuế hoặc bị xử phạt liên lụy.
Để tối ưu chi phí thuế tại Việt Nam và đảm bảo an toàn tối đa, doanh nghiệp cần chủ động thiết lập hồ sơ kiểm soát nội bộ. Mọi chứng từ từ hợp đồng, hóa đơn điện tử, biên bản giao nhận cho đến chứng từ thanh toán ngân hàng phải đảm bảo tính logic tuyệt đối về mặt thời gian và khối lượng hàng hóa.
Các chuyên gia tại MAN với 30 năm kinh nghiệm khuyến nghị doanh nghiệp nên thực hiện dịch vụ rà soát rủi ro thuế độc lập trước khi chính thức nộp hồ sơ hoàn thuế. Chi phí rà soát ban đầu luôn nhỏ hơn rất nhiều so với tổn thất khi bị truy thu thuế, tiền chậm nộp và tiền phạt vi phạm hành chính.
Conclude
Công văn 12003/NBI-QLDN3 đã khẳng định chính sách nhất quán của cơ quan quản lý thuế trong việc tạo điều kiện thuận lợi cho các doanh nghiệp thương mại xuất khẩu. Việc thấu hiểu chi tiết các điều kiện pháp lý, tuân thủ các quy định cấm và chuẩn bị hồ sơ minh bạch là chìa khóa giúp doanh nghiệp hoàn thuế thành công và tối ưu nguồn vốn.
Tax services at MAN – Master Accountant Network
- Tax accounting services
- Tax consulting services
- Tax settlement services
- Tax reporting services
- VAT refund service
Contact information for services at MAN – Master Accountant Network
- Address: No. 19A, Street 43, Tan Thuan Ward, Ho Chi Minh City
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- E-mail: man@man.net.vn
- Google Business Profile: View MAN – Master Accountant Network's Google Business Profile
- LinkedIn Founder: View expert Le Hoang Tuyen's LinkedIn profile.
Responsible for production and professional content review by: Mr. Le Hoang Tuyen – Founder & CEO of MAN – Master Accountant Network, CPA Vietnam with over 30 years of experience in accounting, auditing, taxation, and corporate financial consulting.
Các câu hỏi thường gặp về Công văn 12003/NBI-QLDN3 và hoàn thuế GTGT (FAQ)
Doanh nghiệp thương mại mua hàng nội địa rồi xuất khẩu có được hoàn thuế GTGT không?
Có. Theo Công văn 12003/NBI-QLDN3, doanh nghiệp thương mại mua hàng trong nước để xuất khẩu hoàn toàn đủ điều kiện được hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ đầu vào và điều kiện hoàn thuế hàng xuất khẩu theo quy định.
Điều kiện hoàn thuế GTGT hiện nay được quy định tại văn bản nào?
Điều kiện hoàn thuế được quy định tại Điều 37 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, được sửa đổi, bổ sung bởi khoản 2 Điều 1 Nghị định 359/2025/NĐ-CP, căn cứ trên Điều 14 và Điều 15 Luật Thuế GTGT 2024.
Tỷ lệ % tính thuế GTGT trực tiếp đối với hoạt động phân phối hàng hóa là bao nhiêu?
Căn cứ điểm b khoản 2 Điều 12 Luật Thuế Giá trị gia tăng 2024, tỷ lệ % để tính thuế GTGT theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu đối với hoạt động phân phối, cung cấp hàng hóa là 1%.
Nếu nhà cung cấp đầu vào bị tạm ngừng kinh doanh thì hồ sơ hoàn thuế xử lý thế nào?
Cơ quan thuế sẽ tạm dừng giải quyết hoàn thuế đối với phần thuế GTGT tương ứng với hóa đơn của nhà cung cấp đó để tiến hành xác minh. Phần thuế GTGT hợp lệ của các nhà cung cấp khác vẫn được xét hoàn trả bình thường.
Những hành vi nào bị nghiêm cấm trong hoàn thuế GTGT?
Các hành vi bị cấm quy định tại Điều 13 Luật Thuế GTGT 2024 gồm: mua bán hóa đơn, tạo lập giao dịch giả mạo, lập hóa đơn khi đang tạm ngừng kinh doanh, sử dụng hóa đơn không hợp pháp, không chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử, phá hủy hệ thống dữ liệu, đưa hối lộ và thông đồng trục lợi tiền thuế.
