Trường hợp không khấu trừ thuế GTGT công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN là nội dung pháp lý quan trọng được quy định cụ thể tại điểm b khoản 4 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC. Việc xác định chính xác các khoản chi phí đầu tư công giúp doanh nghiệp xây dựng phòng ngừa rủi ro pháp lý và tối ưu dòng tiền hiệu quả theo khung pháp lý mới nhất. Đọc ngay bài viết để nắm trọn các điểm loại trừ quan trọng.
Quản lý nghĩa vụ thuế đối với các dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước đòi hỏi sự tuân thủ nghiêm ngặt từ phía chủ đầu tư, ban quản lý dự án và các nhà thầu thi công. Việc áp dụng đúng quy chế khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào giúp doanh nghiệp hạch toán kế toán chính xác, hạn chế tối đa nguy cơ bị truy thu và xử phạt hành chính trong quá trình quyết toán công trình.
Thông tin tóm tắt về trường hợp không khấu trừ thuế GTGT công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN
- Trường hợp không khấu trừ thuế GTGT công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN là các tình huống cụ thể theo quy định pháp luật mà dự án đầu tư công không được áp dụng cơ chế khấu trừ thuế đầu vào, yêu cầu tính trực tiếp vào chi phí hoặc nguyên giá tài sản.
- Dữ liệu này dùng để lập hồ sơ thanh quyết toán, hạch toán kế toán và giải trình trước cơ quan thanh tra thuế.
- Quy định áp dụng cho các chủ đầu tư, ban quản lý dự án, nhà thầu xây dựng và cơ quan tài chính khi thực hiện các công trình sử dụng vốn ngân sách.
- Nhà quản lý cần nắm rõ các điểm loại trừ này để lập kế hoạch tài chính chính xác và phòng ngừa rủi ro truy thu.
Định nghĩa chuẩn xác về các tình huống không được khấu trừ thuế đầu vào
Trường hợp không khấu trừ thuế GTGT công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN được quy định rõ tại các văn bản pháp luật hiện hành nhằm siết chặt quản lý nguồn vốn công. Khi các hạng mục thuộc diện loại trừ, số thuế giá trị gia tăng đầu vào sẽ không được hoàn lại hay khấu trừ theo phương pháp thông thường.
Thay vào đó, khoản thuế này sẽ cấu thành trực tiếp trong nguyên giá tài sản hoặc tính vào giá trị chi phí của dự án. Chủ đầu tư cần phân biệt rạch ròi giữa phần được khấu trừ và phần bị loại trừ để tránh sai sót khi lập báo cáo tài chính cuối năm.
Vai trò của việc nắm rõ quy định trong quản trị tài chính và kiểm toán
Am hiểu tường tận các quy định này mang tính quyết định đối với sự an toàn tài chính của doanh nghiệp thi công công trình công. Sai sót trong việc kê khai khấu trừ thuế đầu vào thường dẫn đến các hình thức xử phạt nặng nề từ cơ quan quản lý thuế.
Các chuyên gia tại MAN – Master Accountant Network với 30 năm kinh nghiệm lưu ý rằng kiểm toán viên thường rà soát rất kỹ các hạng mục xây dựng cơ bản. Nếu chủ đầu tư kê khai sai, số tiền thuế bị truy thu cùng tiền chậm nộp sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến biên lợi nhuận của toàn bộ dự án.
Chi tiết các đối tượng chịu tác động hoặc bắt buộc áp dụng quy định
Quy định này tác động trực tiếp đến các chủ đầu tư dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước, các ban quản lý dự án chuyên ngành và các nhà thầu thi công xây dựng. Các đơn vị này chịu trách nhiệm trực tiếp trước pháp luật về tính hợp pháp của chứng từ tài chính.
Bên cạnh đó, các cơ quan tài chính, Kho bạc Nhà nước và cơ quan thuế cũng trực tiếp áp dụng các quy trình kiểm soát này khi giải ngân vốn đầu tư công. Việc phân định rõ đối tượng giúp các bên liên quan tuân thủ đúng quy trình nghiệp vụ từ giai đoạn khởi công đến khi quyết toán.
Các mốc thời gian và điều kiện thực tế cần áp dụng quy định mới nhất
Các quy định pháp lý mới nhất chính thức có hiệu lực thi hành và áp dụng cho các kỳ tính thuế từ năm 2026 trở đi. Mọi hồ sơ thanh toán, quyết toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản phát sinh trong giai đoạn này đều phải tuân thủ nghiêm ngặt.
Điều kiện cốt lõi để áp dụng là dự án phải sử dụng nguồn vốn ngân sách nhà nước và phát sinh các giao dịch thuộc danh mục loại trừ khấu trừ. Kế toán cần căn cứ vào thời điểm phát sinh chứng từ thanh toán và quy định hiệu lực của văn bản để áp dụng chính xác.
Tổng hợp các văn bản pháp luật liên quan đến thuế GTGT công trình xây dựng
Hệ thống văn bản quy phạm pháp luật điều chỉnh lĩnh vực này gồm nhiều thông tư và nghị định quan trọng. Dưới đây là bảng tổng hợp các văn bản cốt lõi mà người làm tài chính cần lưu ý:
| Số hiệu văn bản | Ngày ban hành | Cơ quan ban hành | Nội dung tóm lược trọng tâm |
| Thông tư 89/2026/TT-BTC | 2026 | Ministry of Finance | Quy định chi tiết các trường hợp không khấu trừ thuế GTGT công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN. |
| Decree 181/2025/ND-CP | 2025 | Chính phủ | Quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng. |
| Nghị định 144/2026/NĐ-CP | 2026 | Chính phủ | Sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định 181/2025/NĐ-CP về đối tượng không chịu thuế và khấu trừ thuế. |
Chi tiết các trường hợp cụ thể không được khấu trừ thuế GTGT công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN
Căn cứ theo điểm b khoản 4 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC, pháp luật hiện hành liệt kê rõ sáu nhóm trường hợp cụ thể không được áp dụng khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Chủ đầu tư cần nắm vững từng trường hợp để hạch toán đúng chế độ kế toán doanh nghiệp.
- Thứ nhất, chủ đầu tư làm thủ tục tạm ứng vốn đầu tư xây dựng cơ bản theo quy định. Thời điểm tạm ứng chưa đủ điều kiện kê khai khấu trừ thuế đầu vào cho đến khi có khối lượng hoàn thành nghiệm thu.
- Thứ hai, các khoản thanh toán vốn đầu tư xây dựng cơ bản cho các hoạt động quản lý dự án bao gồm thanh toán cho các công việc quản lý do chủ đầu tư trực tiếp thực hiện, các khoản chi của ban quản lý dự án, chi giải phóng mặt bằng và chi đối với các dự án do dân tự làm.
- Thứ ba, các khoản chi phí đầu tư xây dựng của các công trình, hạng mục công trình xây dựng cơ bản có giá trị công trình xây dựng bao gồm cả thuế giá trị gia tăng dưới 01 tỷ đồng. Những công trình giá trị nhỏ này được xử lý theo cơ chế phân bổ hoặc tính trực tiếp vào chi phí.
- Thứ tư, các trường hợp chủ đầu tư có chứng từ bao gồm bản sao chứng từ đã nộp thuế hoặc thông báo xác nhận việc thực hiện nghĩa vụ thuế của cơ quan thuế chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước đối với toàn bộ số thuế giá trị gia tăng phát sinh của nhà thầu. Chủ đầu tư phải hoàn toàn chịu trách nhiệm về tính chính xác cũng như tính hợp pháp hợp lệ của chứng từ nộp cho cơ quan Kho bạc Nhà nước.
- Thứ năm, hoạt động tư vấn, khảo sát, thiết kế, bảo hiểm và kế toán của công trình xây dựng. Các dịch vụ này đi kèm dự án nhưng có cơ chế quản lý hóa đơn và thuế riêng biệt theo quy định chuyên ngành.
- Thứ sáu, toàn bộ hoạt động xây dựng diễn ra trong khu phi thuế quan. Các công trình này tuân thủ các quy định về thuế suất và hoàn thuế riêng theo chính sách ưu đãi đầu tư của khu vực đó.
Quy định bổ sung về sản phẩm phái sinh không chịu thuế GTGT
Bên cạnh các quy định về xây dựng cơ bản, pháp luật thuế hiện hành cũng làm rõ các đối tượng không chịu thuế GTGT đối với dịch vụ tài chính tại khoản 4 Điều 4 Decree 181/2025/ND-CP được sửa đổi bởi khoản 2 Điều 1 Nghị định 144/2026/NĐ-CP. Cụ thể, dịch vụ tài chính, ngân hàng, chứng khoán và thương mại bao gồm các sản phẩm phái sinh theo quy định của pháp luật về các tổ chức tín dụng, chứng khoán và thương mại không chịu thuế GTGT.
Các sản phẩm phái sinh này bao gồm hoán đổi lãi suất, hợp đồng kỳ hạn, hợp đồng tương lai, hợp đồng quyền chọn mua, chọn bán và sản phẩm phái sinh khác. Doanh nghiệp kinh doanh các sản phẩm này cần lưu ý để kê khai đúng chỉ tiêu trên tờ khai thuế.
Cách xác định giá tính thuế GTGT đối với dịch vụ kinh doanh đặt cược
Đối với lĩnh vực kinh doanh đặc thù như dịch vụ đặt cược, phương pháp xác định giá tính thuế được quy định rất cụ thể tại Điều 10 Nghị định 181/2025/NĐ-CP. Giá tính VAT là số tiền thu được từ bán vé đặt cược trừ đi số tiền đã trả thưởng cho khách (nếu có), đã có thuế tiêu thụ đặc biệt nhưng chưa có thuế giá trị gia tăng.
Kế toán doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực giải trí có thưởng cần áp dụng chính xác công thức này để tránh việc kê khai thiếu hoặc thừa doanh thu chịu thuế.
Case study thực tế về xử lý rủi ro thuế GTGT công trình xây dựng tại doanh nghiệp
Công ty Xây dựng X nhận thầu thi công một hạng mục hạ tầng giao thông bằng nguồn vốn ngân sách nhà nước trị giá 850 triệu đồng đã bao gồm thuế GTGT. Kế toán doanh nghiệp ban đầu kê khai khấu trừ toàn bộ số input VAT của các hóa đơn vật liệu mua vào phục vụ công trình này.
Khi đoàn thanh tra thuế xuống làm việc, họ phát hiện công trình có giá trị dưới 01 tỷ đồng nên thuộc diện không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC. Toàn bộ số thuế đã khấu trừ bị yêu cầu truy thu và phạt vi phạm hành chính do khai sai.
Giải pháp từ MAN – Master Accountant Network được áp dụng ngay sau đó khi ban lãnh đạo công ty liên hệ yêu cầu hỗ trợ khẩn cấp. Các chuyên gia của MAN đã rà soát lại toàn bộ hồ sơ quyết toán, điều chỉnh bút toán hạch toán phần thuế GTGT vào nguyên giá công trình thay vì tài khoản khấu trừ, đồng thời hướng dẫn doanh nghiệp giải trình với cơ quan thuế. Nhờ sự can thiệp kịp thời này, doanh nghiệp đã giảm thiểu tối đa mức phạt và hoàn thiện lại hệ thống kiểm soát nội bộ.
Góc nhìn chuyên gia về những rủi ro thường gặp và kinh nghiệm quản trị
Trong suốt hơn 30 năm hành nghề tư vấn, chúng tôi nhận thấy sai lầm lớn nhất của các doanh nghiệp xây dựng là áp dụng máy móc quy chế khấu trừ chung cho mọi loại công trình. Nhiều kế toán không cập nhật kịp thời các văn bản mới như Thông tư 89/2026/TT-BTC dẫn đến việc kê khai sai lệch liên tục qua nhiều kỳ.
Các chuyên gia tại MAN – Master Accountant Network với 30 năm kinh nghiệm lưu ý rằng việc phân loại nguồn vốn từ khâu lập dự toán là chiếc khiên bảo vệ doanh nghiệp tốt nhất trước mọi cuộc thanh tra. Doanh nghiệp cần thiết lập một quy trình kiểm soát nội bộ ba bước gồm lập hồ sơ, kiểm tra nguồn vốn và đối chiếu chứng từ Kho bạc trước khi hạch toán thuế. Hơn 500 khách hàng đã quay lại dịch vụ tư vấn của chúng tôi trong năm qua nhờ sự chuẩn xác và tính thực tiễn trong các giải pháp phòng ngừa rủi ro tài chính này.
Conclude
Việc nắm vững các quy định về trường hợp không khấu trừ thuế GTGT công trình xây dựng cơ bản bằng nguồn vốn NSNN là chìa khóa giúp doanh nghiệp bảo vệ nguồn vốn và tối ưu hóa chi phí. Sự tuân thủ chặt chẽ này giúp hạn chế tối đa các rủi ro pháp lý trong hoạt động đầu tư công.
Khi doanh nghiệp cần một đối tác tin cậy để đồng hành trong các nghiệp vụ phức tạp, MAN – Master Accountant Network luôn sẵn sàng cung cấp các giải pháp toàn diện bao gồm dịch vụ quyết toán thuế, dịch vụ kế toán thuế, dịch vụ báo cáo thuế và dịch vụ tư vấn thuế với chất lượng hàng đầu tại Việt Nam.
Các câu hỏi thường gặp về thuế GTGT công trình xây dựng vốn NSNN
Công trình dưới 1 tỷ đồng xử lý thuế GTGT đầu vào ra sao?
Các khoản chi phí đầu tư xây dựng của công trình có giá trị bao gồm cả thuế GTGT dưới 01 tỷ đồng không được khấu trừ thuế GTGT mà phải tính trực tiếp vào giá trị đầu tư xây dựng công trình.
Ban quản lý dự án tự thực hiện có được khấu trừ thuế không?
Các khoản thanh toán cho hoạt động quản lý dự án do chủ đầu tư trực tiếp thực hiện hoặc chi phí của ban quản lý dự án đều không thuộc diện được khấu trừ thuế GTGT.
Chi phí khảo sát thiết kế công trình vốn NSNN có được khấu trừ thuế không?
Hoạt động tư vấn, khảo sát, thiết kế, bảo hiểm và kế toán của công trình xây dựng không được khấu trừ thuế GTGT theo điểm b khoản 4 Điều 19 Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Khi nào chủ đầu tư chịu trách nhiệm nộp thay thuế cho nhà thầu?
Chủ đầu tư phải nộp thay khi có chứng từ chứng minh đã nộp đầy đủ tiền thuế vào ngân sách nhà nước đối với toàn bộ số thuế GTGT phát sinh của nhà thầu và tự chịu trách nhiệm về tính chính xác của chứng từ.
Doanh nghiệp xây dựng cần lưu ý gì để tránh bị truy thu thuế?
Doanh nghiệp cần cập nhật văn bản mới nhất, phân tách rõ nguồn vốn và phối hợp chặt chẽ với các đơn vị tư vấn chuyên nghiệp để rà soát chứng từ trước khi quyết toán.
