Công văn 5697/CT-CS là văn bản do Cục Thuế ban hành ngày 07/08/2026, giải đáp vướng mắc về chính sách thuế giá trị gia tăng đối với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường. Đây là nhóm mặt hàng chiếm tỷ trọng lớn trong chuỗi cung ứng nông nghiệp Việt Nam, từ hộ nông dân, hợp tác xã đến các doanh nghiệp chế biến, xuất khẩu. Việc xác định đúng đối tượng chịu thuế hay không chịu thuế GTGT ảnh hưởng trực tiếp đến giá thành, dòng tiền và nghĩa vụ kê khai của hàng nghìn doanh nghiệp mỗi kỳ quyết toán.
Theo góc nhìn từ MAN – Master Accountant Network, đơn vị tư vấn thuế, kế toán, kiểm toán với hơn 30 năm kinh nghiệm thực tế tại Việt Nam, đây là loại công văn hướng dẫn nghiệp vụ mà kế toán doanh nghiệp nông nghiệp, thủy sản cần lưu hồ sơ đối chiếu thường xuyên. Bài viết dưới đây phân tích toàn diện nội dung công văn, căn cứ pháp lý liên quan, cách áp dụng thực tế và những rủi ro doanh nghiệp cần tránh khi xử lý VAT cho nhóm hàng hóa đặc thù này.
Tóm tắt trọng tâm về Công văn 5697/CT-CS
- Công văn 5697/CT-CS là văn bản trả lời vướng mắc của Cục Thuế ngày 07/08/2026 về thuế GTGT với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường.
- Dùng để xác định đối tượng chịu thuế, không chịu thuế và trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ đầu vào.
- Áp dụng cho tổ chức, cá nhân sản xuất, đánh bắt, kinh doanh nông sản, thủy sản; doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua bán các sản phẩm này.
- Cần tra cứu khi doanh nghiệp phát sinh giao dịch mua bán nông sản, thủy sản chưa chế biến hoặc lập hóa đơn, kê khai thuế GTGT cho nhóm hàng hóa này.
- Căn cứ chính: Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (sửa đổi 2025), có liên hệ với quy định cũ tại Luật Thuế GTGT 2008 và các văn bản hướng dẫn trước đây.
Công văn 5697/CT-CS là gì? Bối cảnh ban hành
Công văn 5697/CT-CS do Cục Thuế phát hành ngày 07/08/2026, thuộc dạng công văn giải đáp chính sách thuế theo yêu cầu cụ thể của người nộp thuế hoặc đơn vị trực thuộc. Nội dung công văn tập trung làm rõ chính sách thuế GTGT áp dụng cho sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản qua từng giai đoạn quy định pháp luật.
Điểm đáng chú ý là công văn không chỉ nhắc lại quy định hiện hành mà còn hệ thống hóa lại quá trình thay đổi chính sách từ năm 2014 đến nay, giúp người đọc dễ dàng đối chiếu văn bản áp dụng cho từng thời kỳ phát sinh giao dịch. Đây là cách tiếp cận thường thấy ở các công văn trả lời vướng mắc liên quan đến giao dịch phát sinh qua nhiều mốc thời gian có sự thay đổi luật.
Căn cứ pháp lý được Công văn 5697/CT-CS viện dẫn:
- Giai đoạn từ 01/01/2014 đến trước 01/7/2025: áp dụng theo điểm đ khoản 2 Điều 8, khoản 1 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2008 (sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 1 Luật thuế giá trị gia tăng, Luật thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật quản lý thuế sửa đổi 2016), khoản 1 Điều 3 Nghị định 209/2013/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP) và khoản 5 Điều 5, khoản 5 Điều 10, khoản 1 Điều 4 Thông tư 219/2013/TT-BTC (sửa đổi, bổ sung tại khoản 1 Điều 1 Thông tư 26/2015/TT-BTC).
- Công văn số 7062/BTC-TCT ngày 29/5/2014 của Bộ Tài chính: hướng dẫn cụ thể chính sách thuế GTGT với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản trong giai đoạn nêu trên.
- Từ 01/7/2025 trở đi: áp dụng theo Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, được sửa đổi bởi khoản 1 Điều 1 Luật Thuế giá trị gia tăng sửa đổi 2025.
Công văn 5697/CT-CS có vai trò gì trong quản trị thuế doanh nghiệp nông nghiệp?
Với doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nông sản, thủy sản, việc xác định sai VAT taxable subjects kéo theo hai rủi ro song song: xuất hóa đơn sai thuế suất dẫn đến bị truy thu, hoặc bỏ lỡ quyền khấu trừ thuế đầu vào hợp pháp. Công văn 5697/CT-CS giúp thu hẹp khoảng trống này bằng cách chỉ rõ ranh giới giữa “không chịu thuế” và “không phải kê khai nhưng được khấu trừ”.
Theo các chuyên gia tại MAN – Master Accountant Network, đây chính là điểm mà nhiều doanh nghiệp thu mua nông sản, thủy sản trung gian thường nhầm lẫn nhất trong thực tế kiểm toán. Một hợp tác xã bán thủy sản sơ chế cho doanh nghiệp chế biến khác có thể không cần xuất VAT invoice, nhưng vẫn phải lập hóa đơn bán hàng thông thường và ghi rõ căn cứ áp dụng để tránh bị coi là bỏ sót doanh thu khi thanh tra thuế.
Đối tượng nào chịu tác động của quy định trong Công văn 5697/CT-CS?
Phạm vi áp dụng của công văn trải rộng trên toàn bộ chuỗi cung ứng nông sản, thủy sản, từ khâu sản xuất ban đầu đến khâu thương mại trung gian. Cụ thể gồm các nhóm sau:
- Tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt và trực tiếp bán ra sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường.
- Đơn vị nhập khẩu các sản phẩm nêu trên ở khâu nhập khẩu.
- Doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua sản phẩm từ nhóm trên rồi bán lại cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác.
- Kế toán, bộ phận kê khai thuế tại các doanh nghiệp chế biến nông sản, thủy sản cần xác định đúng thời điểm áp dụng văn bản pháp luật tương ứng với từng giao dịch phát sinh.
Điểm mấu chốt là nhóm doanh nghiệp trung gian (mua đi bán lại giữa các pháp nhân) được áp dụng cơ chế đặc thù: không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT ở khâu bán ra, nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào tương ứng. Đây là cơ chế khác biệt so với trường hợp không chịu thuế hoàn toàn, doanh nghiệp cần phân biệt rõ để tránh hạch toán sai.
Các mốc thời gian và điều kiện áp dụng cần lưu ý
Việc áp dụng đúng văn bản theo từng mốc thời gian là yếu tố quyết định tính hợp lệ của hồ sơ khai thuế. Dưới đây là bảng tổng hợp giúp doanh nghiệp tra cứu nhanh.
| Stage | Applicable document | Main content |
| 01/01/2014 – trước 01/7/2025 | Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi 2016), Nghị định 209/2013/NĐ-CP (sửa đổi tại Nghị định 100/2016/NĐ-CP), Thông tư 219/2013/TT-BTC (sửa đổi tại Thông tư 26/2015/TT-BTC) | Quy định về đối tượng không chịu thuế và cơ chế không kê khai, tính nộp thuế đối với sản phẩm nông nghiệp, thủy sản chưa chế biến |
| 29/5/2014 | Công văn 7062/BTC-TCT | Bộ Tài chính hướng dẫn cụ thể cho Cục Thuế các tỉnh, thành phố về cách áp dụng chính sách trên |
| Từ 01/7/2025 | Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, sửa đổi bởi Luật sửa đổi 2025 (Điều 5, Điều 14) | Quy định lại đối tượng không chịu thuế và nguyên tắc khấu trừ thuế GTGT đầu vào |
| 07/08/2026 | Công văn 5697/CT-CS | Cục Thuế hệ thống hóa lại toàn bộ quá trình áp dụng, giải đáp vướng mắc cụ thể của người nộp thuế |
Doanh nghiệp có giao dịch phát sinh trước và sau ngày 01/7/2025 cần tách riêng hồ sơ để áp dụng đúng văn bản, tránh tình trạng dùng quy định mới áp cho giao dịch phát sinh trong giai đoạn cũ hoặc ngược lại.
Sản phẩm nào không chịu thuế GTGT theo quy định hiện hành Công văn 5697/CT-CS?
Theo Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024 (sửa đổi 2025) mà Công văn 5697/CT-CS viện dẫn, nhóm sản phẩm sau thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT:
- Sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, do tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.
- Sản phẩm giống vật nuôi theo pháp luật về chăn nuôi, vật liệu nhân giống cây trồng theo pháp luật về trồng trọt.
- Thức ăn chăn nuôi, thức ăn thủy sản theo quy định chuyên ngành.
- Sản phẩm muối sản xuất từ nước biển, muối mỏ tự nhiên, muối tinh, muối i-ốt có thành phần chính là Natri clorua.
- Nhà ở thuộc tài sản công do Nhà nước bán cho người đang thuê.
- Dịch vụ tưới, tiêu nước; cày, bừa đất; nạo vét kênh, mương nội đồng phục vụ sản xuất nông nghiệp; dịch vụ thu hoạch sản phẩm nông nghiệp.
- Chuyển quyền sử dụng đất.
Đây là các khoản được liệt kê tại Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024, trong đó khoản 1 là nội dung trọng tâm mà Công văn 5697/CT-CS trực tiếp giải đáp, liên quan đến nhóm sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản. Điều luật còn nhiều khoản khác quy định về đối tượng không chịu thuế thuộc các lĩnh vực khác, doanh nghiệp cần tra cứu đầy đủ văn bản gốc khi áp dụng cho từng loại hàng hóa, dịch vụ cụ thể.
Riêng trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua các sản phẩm nêu trên rồi bán lại cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác thì áp dụng cơ chế không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng được khấu trừ input VAT, khác với trường hợp không chịu thuế áp dụng cho khâu sản xuất trực tiếp.
Sản phẩm thủy sản nuôi trồng, đánh bắt không chịu thuế GTGT trong trường hợp nào?
Sản phẩm thủy sản nuôi trồng, đánh bắt không chịu thuế GTGT khi thuộc dạng chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, do tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra hoặc ở khâu nhập khẩu. Đây là nội dung được quy định trực tiếp tại khoản 1 Điều 5 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024.
Với trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã mua sản phẩm thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường rồi bán lại cho doanh nghiệp, hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã khác, giao dịch này không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào. Đây là điểm khác biệt quan trọng so với trường hợp không chịu thuế áp dụng cho khâu sản xuất, đánh bắt trực tiếp mà Công văn 5697/CT-CS nhấn mạnh khi giải đáp vướng mắc.
Case Study: Doanh nghiệp thu mua thủy sản tại Cần Thơ xử lý thuế GTGT ra sao?
Background
Công ty TNHH Y hoạt động thu mua tôm, cá nguyên liệu từ các hộ nuôi trồng tại khu vực Đồng bằng sông Cửu Long, sau đó bán lại cho các nhà máy chế biến xuất khẩu. Trung bình mỗi tháng công ty thu mua khoảng 200 tấn thủy sản chưa qua chế biến, chỉ sơ chế thông thường như làm sạch, phân loại, cấp đông sơ bộ.
Vướng mắc trước khi tra cứu Công văn 5697/CT-CS
Kế toán công ty ban đầu áp dụng sai bằng cách xuất hóa đơn GTGT với thuế suất 0% cho toàn bộ sản lượng bán ra cho nhà máy chế biến, thay vì áp dụng đúng cơ chế không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT dành cho giao dịch giữa hai pháp nhân kinh doanh. Điều này dẫn đến sai lệch trên tờ khai thuế hàng tháng.
Cách xử lý theo tư vấn từ MAN – Master Accountant Network
Sau khi rà soát, các chuyên gia tại MAN – Master Accountant Network hướng dẫn công ty thực hiện ba việc: thứ nhất, lập lại hóa đơn bán hàng ghi rõ căn cứ “sản phẩm thủy sản chưa chế biến, không phải kê khai tính nộp thuế GTGT theo Điều 5 Luật Thuế GTGT 2024”; thứ hai, tách riêng hồ sơ thu mua từ hộ nuôi trồng cá nhân (không chịu thuế) và hồ sơ bán ra cho pháp nhân khác (không phải kê khai nhưng được khấu trừ đầu vào); thứ ba, điều chỉnh tờ khai các kỳ trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra.
Kết quả đo lường được
- Công ty tránh được khoản truy thu ước tính khoảng 180 triệu đồng do áp sai thuế suất trong 6 tháng liên tiếp.
- Hồ sơ khai bổ sung được chấp nhận do thực hiện trước thời điểm công bố quyết định kiểm tra, chỉ phát sinh tiền chậm nộp ở mức tối thiểu.
- Quy trình lập hóa đơn được chuẩn hóa, giảm thời gian đối chiếu số liệu cuối kỳ từ 5 ngày xuống còn 2 ngày làm việc.
Nhận định chuyên gia: Rủi ro doanh nghiệp thường gặp khi áp dụng quy định trong Công văn 5697/CT-CS
Từ kinh nghiệm tư vấn thực tế, các chuyên gia tại MAN – Master Accountant Network với hơn 30 năm kinh nghiệm kiểm toán và quản trị rủi ro thuế tại Việt Nam chỉ ra ba nhóm rủi ro phổ biến.
- Rủi ro 1: Nhầm lẫn giữa không chịu thuế và không phải kê khai, tính nộp thuế: Đây là lỗi phổ biến nhất. Nhiều kế toán mặc định mọi giao dịch liên quan nông sản, thủy sản chưa chế biến đều không chịu thuế, trong khi giao dịch giữa hai pháp nhân kinh doanh (doanh nghiệp bán cho doanh nghiệp) thuộc diện không phải kê khai nhưng vẫn được khấu trừ đầu vào, một cơ chế có cách hạch toán khác biệt trên sổ sách.
- Rủi ro 2: Áp dụng sai văn bản theo mốc thời gian giao dịch: Với các hợp đồng kéo dài qua nhiều kỳ, đặc biệt là giao dịch phát sinh quanh mốc 01/7/2025, doanh nghiệp dễ áp nhầm văn bản cũ cho giao dịch mới hoặc ngược lại. Công văn 5697/CT-CS chính là công cụ tra cứu hữu ích để đối chiếu văn bản áp dụng đúng thời điểm.
- Rủi ro 3: Thiếu căn cứ ghi trên hóa đơn khi áp dụng cơ chế không phải kê khai: Cơ quan thuế yêu cầu hóa đơn bán hàng phải ghi rõ căn cứ pháp lý khi áp dụng cơ chế không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Nếu thiếu dòng ghi chú này, giao dịch có thể bị coi là chưa đủ cơ sở áp dụng ưu đãi khi đối chiếu số liệu quyết toán.
Thuế GTGT đầu vào được khấu trừ theo nguyên tắc nào?
Bên cạnh nội dung về đối tượng không chịu thuế, Công văn 5697/CT-CS còn liên hệ đến quy định khấu trừ thuế GTGT đầu vào tại Điều 14 Luật Thuế giá trị gia tăng 2024. Đây là phần doanh nghiệp mua bán nông sản, thủy sản trung gian cần nắm để xác định đúng số thuế được khấu trừ trong kỳ.
Theo khoản 1 Điều 14, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ được khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo các nguyên tắc sau:
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ bán cho tổ chức, cá nhân sử dụng vốn viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại được khấu trừ toàn bộ.
- Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí được khấu trừ toàn bộ.
- Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng, quý nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng, quý đó. Số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng, quý thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.
Xử lý ra sao khi phát hiện sai sót trong kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào?
Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế GTGT đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai bổ sung trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế. Việc khai bổ sung thực hiện vào đúng tháng, quý phát sinh sai sót.
Nếu việc khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp hoặc làm giảm số thuế được hoàn, người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng, đồng thời nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước nếu có phát sinh. Theo góc nhìn từ MAN – Master Accountant Network, đây là quy định doanh nghiệp cần chủ động rà soát định kỳ, không nên chờ đến kỳ quyết toán cuối năm mới đối chiếu số liệu.
Conclude
Công văn 5697/CT-CS đóng vai trò như một tài liệu tra cứu quan trọng giúp doanh nghiệp, hợp tác xã và cá nhân kinh doanh trong lĩnh vực nông sản, thủy sản xác định đúng nghĩa vụ thuế GTGT qua từng giai đoạn pháp luật. Việc phân biệt rõ ràng giữa đối tượng không chịu thuế và cơ chế không phải kê khai, tính nộp thuế là yếu tố then chốt giúp doanh nghiệp tránh sai sót khi lập hóa đơn, kê khai và quyết toán thuế hàng năm.
Các dịch vụ thuế tại MAN – Master Accountant Network
- Tax accounting services
- Tax consulting services
- Tax settlement services
- Tax reporting services
- Dịch vụ hoàn thuế GTGT
Service contact information at MAN – Master Accountant Network
- Address: Số 19A, Đường 43, Phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
- Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
- E-mail: man@man.net.vn
- Google Business Profile: Xem Google Business Profile của MAN – Master Accountant Network
- LinkedIn Founder: Xem hồ sơ LinkedIn của chuyên gia Lê Hoàng Tuyên
Phụ trách sản xuất và kiểm duyệt nội dung chuyên môn bởi: Ông Le Hoang Tuyen – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực Kế toán, Kiểm toán, Thuế và Tư vấn Tài chính doanh nghiệp.
Câu hỏi thường gặp về Công văn 5697/CT-CS
Công văn 5697/CT-CS do cơ quan nào ban hành, ngày nào?
Công văn 5697/CT-CS do Cục Thuế ban hành ngày 07/08/2026, trả lời vướng mắc về chính sách thuế GTGT với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản.
Sản phẩm thủy sản đánh bắt bán trực tiếp có phải chịu thuế GTGT không?
Không, nếu là sản phẩm thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ sơ chế thông thường, do tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra hoặc nhập khẩu.
Doanh nghiệp mua nông sản rồi bán lại cho doanh nghiệp khác có phải kê khai thuế GTGT không?
Không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT ở khâu bán ra, nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào tương ứng nếu bên mua là doanh nghiệp, hợp tác xã hoặc liên hiệp hợp tác xã.
Giao dịch phát sinh trước 01/7/2025 áp dụng văn bản nào?
Áp dụng theo Luật Thuế GTGT 2008 (sửa đổi 2016), Nghị định 209/2013/NĐ-CP và Thông tư 219/2013/TT-BTC, cùng hướng dẫn tại Công văn 7062/BTC-TCT ngày 29/5/2014.
Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng chưa khấu trừ hết thì xử lý thế nào?
Số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng, quý sẽ được chuyển sang khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo theo quy định tại Điều 14 Luật Thuế GTGT 2024. Riêng hàng hóa, dịch vụ bán cho tổ chức, cá nhân sử dụng vốn viện trợ nhân đạo, viện trợ không hoàn lại hoặc phục vụ tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí thì thuế GTGT đầu vào được khấu trừ toàn bộ.
