Các trường hợp sẽ bị cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở từ 1/7/2026

9 trường hợp sẽ bị cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở là các tình huống doanh nghiệp được xác định có rủi ro cao theo Luật Quản lý thuế 2025, chính thức có hiệu lực từ ngày 1/7/2026. Việc nắm bắt các quy định này không chỉ giúp doanh nghiệp tuân thủ pháp luật mà còn là bước chuẩn bị cần thiết để bảo vệ an toàn tài chính trước các đợt thanh tra, kiểm tra từ cơ quan chức năng.

Trong môi trường kinh doanh đầy biến động tại Việt Nam, sự minh bạch trong hồ sơ thuế là yếu tố sống còn. Tại MAN – Master Accountant Network, với hơn 30 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực kiểm toán và tư vấn thuế, chúng tôi hiểu rằng việc chủ động kiểm soát rủi ro chính là chìa khóa để doanh nghiệp tập trung phát triển bền vững. Bài viết này sẽ phân tích chuyên sâu các căn cứ pháp lý và đưa ra những lưu ý thực tế dành cho các nhà quản lý.

Tổng quan về 9 trường hợp sẽ bị cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở

Kể từ ngày 1/7/2026, Luật Quản lý thuế 2025 and Personal Income Tax Law 2025 tạo ra một khung khổ pháp lý mới với những tiêu chí nghiêm ngặt hơn. Cơ quan quản lý thuế tại các địa phương đã cập nhật hệ thống danh mục các tình huống khiến doanh nghiệp có khả năng cao phải đón đoàn kiểm tra tại trụ sở.

Theo góc nhìn từ MAN – Master Accountant Network, đây là sự chuyển dịch tất yếu khi cơ quan thuế ứng dụng dữ liệu lớn vào quản lý. Việc nắm bắt kịp thời các quy định này là yêu cầu bắt buộc đối với bộ phận kế toán và ban lãnh đạo. Chúng tôi lưu ý rằng, việc kiểm tra tại trụ sở không còn là sự kiện ngẫu nhiên mà là kết quả của việc phân tích rủi ro dựa trên dữ liệu hệ thống.

Vì sao cơ quan thuế cần kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp

Hoạt động kiểm tra tại trụ sở là một biện pháp nghiệp vụ quan trọng. Khi hệ thống của cơ quan thuế phát hiện các sai lệch giữa tờ khai và thực tế dòng tiền, hoặc các giao dịch có dấu hiệu bất thường, họ sẽ tiến hành làm việc trực tiếp.

Giá trị của việc kiểm tra này nhằm đối chiếu tính xác thực của chứng từ gốc. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra sổ sách kế toán, các hợp đồng kinh tế và thực tế hàng hóa tại kho. Đây là quá trình thẩm định để đảm bảo doanh nghiệp đã kê khai trung thực và đầy đủ các khoản thuế phải nộp.

Đối tượng chịu tác động của quy định mới

Quy định này bao quát hầu hết các đơn vị kinh tế. Đặc biệt, các doanh nghiệp trong các ngành nghề có rủi ro cao như xuất nhập khẩu, kinh doanh thương mại điện tử, hoặc các đơn vị có chuỗi cung ứng phức tạp thường xuyên nằm trong diện cần được lưu tâm.

Tại MAN, chúng tôi nhấn mạnh rằng ngay cả khi doanh nghiệp tuân thủ tốt, việc hiểu rõ các tiêu chí kiểm tra vẫn rất quan trọng. Nó giúp doanh nghiệp tự rà soát quy trình quản trị thuế nội bộ, từ đó xây dựng một hồ sơ giải trình sẵn sàng cho mọi tình huống.

9 trường hợp cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế là gì?

Căn cứ theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra tại trụ sở của người nộp thuế khi rơi vào một trong chín tình huống sau đây. Đây là nền tảng pháp lý mà mọi nhà quản lý cần thuộc nằm lòng.

Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế

Đây là nhóm hồ sơ mà cơ quan thuế bắt buộc phải thẩm định tính hợp lệ của chứng từ, hóa đơn trước khi quyết định số tiền thuế được hoàn lại cho doanh nghiệp. Điều này nhằm hạn chế tối đa rủi ro gian lận tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.

Hồ sơ thuộc diện kiểm tra sau hoàn thuế

Trường hợp này áp dụng cho các hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước nhưng dựa trên nguyên tắc quản lý rủi ro. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra trong thời hạn 5 năm kể từ ngày ban hành quyết định hoàn thuế để hậu kiểm các nội dung đã hoàn.

Có dấu hiệu vi phạm pháp luật trong lĩnh vực thuế

Nếu doanh nghiệp có các hành vi như kê khai sai doanh thu, tăng khống chi phí hoặc các bất thường trong sổ sách được phát hiện qua hệ thống giám sát tự động, cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra trực tiếp để làm rõ các dấu hiệu vi phạm này.

Lựa chọn theo kế hoạch, chuyên đề

Hàng năm, cơ quan thuế xây dựng kế hoạch kiểm tra dựa trên các chuyên đề cụ thể, ví dụ như kiểm tra theo ngành hàng, theo quy mô doanh nghiệp hoặc theo các địa bàn trọng điểm. Đây là quy trình kiểm tra định kỳ thông thường.

Theo yêu cầu, đề nghị của cơ quan hoặc người có thẩm quyền

Trong một số tình huống đặc biệt hoặc khi có đơn thư tố cáo, yêu cầu điều tra từ các cơ quan chức năng khác, cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra tại trụ sở để xác minh thông tin và thực thi nhiệm vụ theo đề nghị.

Người nộp thuế có rủi ro cao trong tái cấu trúc doanh nghiệp

Doanh nghiệp thuộc các trường hợp chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình, phá sản, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc chuyển địa điểm kinh doanh thường được đưa vào nhóm rủi ro cao. Cơ quan thuế sẽ kiểm tra để đảm bảo nghĩa vụ thuế được hoàn thành trước khi doanh nghiệp thay đổi trạng thái.

Trường hợp quy định tại điểm b khoản 2 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025

Đây là trường hợp cơ quan thuế yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin nhưng doanh nghiệp không đáp ứng đầy đủ hoặc các giải trình không thuyết phục. Khi đó, cơ quan thuế có quyền chuyển sang kiểm tra thực tế tại trụ sở.

Kiểm tra theo yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo

Khi có các khiếu nại hoặc tố cáo liên quan đến nghĩa vụ thuế của đơn vị, cơ quan thuế thực hiện kiểm tra để có cơ sở dữ liệu xác thực, nhằm giải quyết khiếu nại một cách minh bạch và đúng pháp luật.

Hồ sơ miễn thuế, giảm thuế, không thu thuế có rủi ro cao

Đối với các hồ sơ xin miễn giảm thuế, nếu hệ thống đánh giá có rủi ro cao về việc không đủ điều kiện hưởng ưu đãi, cơ quan thuế sẽ kiểm tra tại trụ sở để đối chiếu hồ sơ thực tế với các điều kiện hưởng ưu đãi.

10 hành vi bị xác định là trốn thuế theo Luật Quản lý thuế 2025

Để doanh nghiệp tránh xa các rủi ro pháp lý, việc nắm vững các hành vi bị khép vào tội trốn thuế theo quy định mới là điều tiên quyết. Dưới đây là chi tiết 10 hành vi cần tuyệt đối tránh.

• Không nộp hồ sơ đăng ký thuế hoặc tờ khai: Đây là hành vi vi phạm cơ bản nhất. Việc không thực hiện đầy đủ nghĩa vụ nộp hồ sơ theo quy định của pháp luật dẫn đến việc thiếu số thuế phải nộp hoặc làm tăng các khoản được miễn, giảm, hoàn.
• Nộp hồ sơ khai thuế quá hạn: Nộp tờ khai sau 90 ngày kể từ ngày hết thời hạn nộp hoặc hết thời hạn gia hạn mà không có lý do chính đáng, dẫn đến sai lệch số thuế phải nộp, được miễn hoặc được hoàn.
• Không ghi chép sổ kế toán các khoản thu: Nhiều doanh nghiệp cố tình không ghi nhận doanh thu vào sổ kế toán để nhằm giảm số thuế phải nộp. Với công nghệ đối chiếu tài khoản ngân hàng hiện nay, đây là hành vi rất dễ bị phát hiện.
• Không lập hóa đơn và không kê khai thuế: Việc bán hàng, cung cấp dịch vụ nhưng không xuất hóa đơn, hoặc ghi giá trị trên hóa đơn thấp hơn thực tế thanh toán là hành vi trốn thuế phổ biến mà cơ quan chức năng đang kiểm soát rất gắt gao.
• Sử dụng hóa đơn, chứng từ không hợp pháp: Việc sử dụng các loại hóa đơn đầu vào giả mạo, hoặc hóa đơn của các công ty ma để hạch toán chi phí nhằm giảm số thuế phải nộp là hành vi vi phạm pháp luật nghiêm trọng.
• Chứng từ không phản ánh đúng bản chất giao dịch: Sử dụng tài liệu, chứng từ không phản ánh đúng thực tế giao dịch để xác định sai lệch số thuế phải nộp hoặc số thuế được hoàn là hành vi trốn thuế có tính toán.
• Khai sai thực tế hàng hóa xuất nhập khẩu: Khai sai về số lượng, chủng loại, giá trị hàng hóa nhưng doanh nghiệp không tự nguyện khắc phục hậu quả bằng cách nộp đủ số tiền thuế theo quy định.
• Cố ý không kê khai hàng hóa: Hành vi cố tình không kê khai hoặc khai sai về thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu nhằm mục đích gian lận tiền thuế của nhà nước.
• Cấu kết với người gửi hàng: Việc cấu kết với đơn vị cung ứng để nhập khẩu hàng hóa nhằm trốn thuế là hành vi vi phạm pháp luật mà các cơ quan chức năng tập trung xử lý mạnh tay.
• Sử dụng hàng hóa sai mục đích và thông báo tạm ngừng sai quy định: Sử dụng hàng hóa thuộc diện miễn thuế, không chịu thuế không đúng mục đích mà không khai báo chuyển đổi; hoặc có hoạt động kinh doanh trong thời gian đã thông báo tạm ngừng nhưng không thông báo lại với cơ quan thuế.

Vai trò của kiểm tra thuế trong quản trị rủi ro doanh nghiệp

Kiểm tra thuế không chỉ là nghĩa vụ mà còn là thước đo sức khỏe tài chính của doanh nghiệp. Theo các chuyên gia tại MAN – Master Accountant Network, việc xem xét các đợt kiểm tra thuế như một cơ hội để rà soát lại toàn bộ hệ thống kế toán là cách tiếp cận tích cực.

• Tại sao doanh nghiệp cần chuẩn bị trước khi bị kiểm tra? Việc chủ động chuẩn bị hồ sơ giúp doanh nghiệp tiết kiệm thời gian, chi phí và tránh các án phạt liên quan đến việc không cung cấp kịp thời sổ sách. Đặc biệt, các doanh nghiệp thường xuyên đối mặt với các rủi ro thuế như chênh lệch giữa doanh thu tính thuế và doanh thu kế toán, việc chuẩn bị sớm là chìa khóa để bảo vệ lợi nhuận doanh nghiệp.

• Sự liên kết giữa kiểm toán và quản trị thuế: Kiểm toán độc lập và kiểm tra thuế là hai hoạt động khác biệt nhưng bổ trợ cho nhau. Thông qua việc kiểm toán định kỳ, doanh nghiệp tại MAN – Master Accountant Network thường được tư vấn để nhận diện sớm các điểm yếu trong quy trình hạch toán, từ đó điều chỉnh kịp thời trước khi cơ quan thuế thực hiện kiểm tra chính thức.

Các mốc thời gian và điều kiện thực tế cần lưu ý

Luật Quản lý thuế 2025 quy định rất rõ về tần suất kiểm tra. Đối với các doanh nghiệp thuộc diện kiểm tra theo kế hoạch hoặc tái cấu trúc, cơ quan thuế chỉ được kiểm tra không quá 01 lần trong 01 năm.

• Lưu ý về quy định 1 lần trong 1 năm: Quy định này là một điểm mới tích cực, giúp giảm bớt áp lực cho doanh nghiệp. Tuy nhiên, cần lưu ý rằng điều này không áp dụng đối với trường hợp kiểm tra lại nếu doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc có các rủi ro mới phát sinh. Tại MAN, chúng tôi luôn nhắc nhở khách hàng rằng, việc không bị kiểm tra quá 1 lần không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp được phép lơ là trong quản lý chứng từ.

• Tác động của thay đổi địa điểm kinh doanh: Thay đổi địa điểm kinh doanh là một trong những sự kiện dễ dẫn đến việc bị kiểm tra thuế. Doanh nghiệp cần thực hiện đúng quy trình thông báo với cơ quan đăng ký kinh doanh và cơ quan thuế trước khi thay đổi để tránh rơi vào diện bị kiểm tra đột xuất.

Nhận định chuyên gia từ MAN về quản trị rủi ro thuế

Với bề dày hơn 30 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực kiểm toán và tư vấn thuế, đội ngũ chuyên gia tại MAN – Master Accountant Network nhận định rằng rủi ro thuế thường xuất phát từ sự thiếu hụt kiến thức pháp luật và quy trình kế toán lỏng lẻo tại doanh nghiệp.

Nhiều doanh nghiệp thường coi thuế là gánh nặng tài chính thay vì một phần của quản trị chiến lược. Khi tư duy quản trị thay đổi, việc kiểm soát số liệu sẽ trở thành một phần của quy trình vận hành hàng ngày, giúp doanh nghiệp luôn trong trạng thái sẵn sàng cho mọi kỳ kiểm tra.

Những rủi ro doanh nghiệp thường gặp phải

Rủi ro phổ biến nhất mà các chuyên gia MAN ghi nhận là sự thiếu nhất quán giữa số liệu kế toán và tờ khai thuế. Điều này thường xảy ra khi nhân sự kế toán không cập nhật kịp thời các thay đổi của Luật Quản lý thuế 2025.

Một rủi ro khác là quản lý chứng từ đầu vào chưa chặt chẽ. Nhiều doanh nghiệp bị loại chi phí khi kiểm tra tại trụ sở chỉ vì các lỗi nhỏ như chứng từ thiếu chữ ký, hoặc hợp đồng kinh tế không logic với thời điểm xuất hóa đơn.

Kinh nghiệm xử lý tối ưu từ chuyên gia MAN

Tại MAN, chúng tôi áp dụng phương pháp kiểm soát rủi ro từ gốc. Thay vì chỉ kiểm tra vào cuối năm tài chính, chúng tôi khuyến nghị thực hiện soát xét sổ sách định kỳ theo quý.

Việc soát xét này giúp phát hiện sớm các sai lệch. Từ đó, doanh nghiệp có thể chủ động điều chỉnh tờ khai trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở. Điều này giúp doanh nghiệp tránh được các khoản phạt hành chính không đáng có.

Case Study: Xử lý tình huống khi có đoàn kiểm tra tại trụ sở

Hãy xem xét một tình huống thực tế tại một doanh nghiệp sản xuất linh kiện điện tử có quy mô vừa. Doanh nghiệp này nhận thông báo kiểm tra thuế vì có số liệu hoàn thuế lớn trong năm 2026.

Phân tích tình huống

Doanh nghiệp lo lắng vì hồ sơ lưu trữ chưa hoàn toàn khoa học. Các chứng từ vận chuyển nội bộ bị thất lạc một số lượng nhỏ. Điều này tạo ra rủi ro bị bác chi phí đầu vào và số thuế được hoàn đã nhận.

Đội ngũ chuyên gia của MAN – Master Accountant Network đã được mời vào cuộc để hỗ trợ rà soát. Chúng tôi bắt đầu bằng việc phân loại lại toàn bộ hồ sơ theo trình tự thời gian và tính chất giao dịch, đối chiếu với các quy định mới nhất của Luật Thuế.

Cách xử lý và kết quả

MAN đã hướng dẫn doanh nghiệp giải trình chi tiết về quy trình sản xuất, logic của dòng hàng hóa. Chúng tôi cũng hỗ trợ doanh nghiệp chuẩn bị các văn bản bổ sung để chứng minh tính hợp pháp của các giao dịch bị thiếu chứng từ gốc bằng các phương thức thay thế hợp lệ.

Kết quả là khi đoàn kiểm tra làm việc tại trụ sở, doanh nghiệp đã trình bày đầy đủ, logic và có cơ sở pháp lý vững chắc. Số thuế được hoàn được cơ quan thuế chấp thuận, doanh nghiệp chỉ phải điều chỉnh nhỏ về hạch toán chi phí mà không bị phạt nặng, giúp bảo toàn uy tín và dòng tiền cho công ty.

Bảng so sánh kiểm tra thuế và thanh tra thuế

Để doanh nghiệp có cái nhìn rõ ràng hơn, chuyên gia tại MAN tổng hợp bảng so sánh dưới đây giữa hai hình thức làm việc của cơ quan thuế.

Bảng so sánh kiểm tra thuế và thanh tra thuế

Criteria	Kiểm tra tại trụ sở	Thanh tra thuế
Purpose	Xác định rủi ro, kiểm soát tờ khai	Kiểm tra toàn diện tuân thủ pháp luật
Scope	Tập trung vào một hoặc một số sắc thuế	Kiểm tra toàn diện các sắc thuế trong kỳ
Frequency	Có thể diễn ra nhiều lần trong năm	Theo kế hoạch định kỳ hoặc đột xuất
Object	Doanh nghiệp rủi ro cao	Doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm lớn

Doanh nghiệp cần phân biệt rõ hai hình thức này để có phương án chuẩn bị hồ sơ phù hợp. Dù là kiểm tra hay thanh tra, sự trung thực và minh bạch hồ sơ luôn là yếu tố quyết định sự thành bại.

Conclude

Hiểu rõ 9 trường hợp sẽ bị cơ quan thuế kiểm tra tại trụ sở là bước đi quan trọng trong quản trị tài chính. Việc nắm bắt kịp thời các quy định pháp luật mới từ ngày 1/7/2026 sẽ giúp doanh nghiệp giảm thiểu rủi ro pháp lý và vận hành hiệu quả hơn.

Nếu bạn cần một đối tác tin cậy để đồng hành, MAN – Master Accountant Network luôn sẵn sàng. Với kinh nghiệm dày dặn, chúng tôi cung cấp các tax settlement services, tax accounting services, tax reporting services and tax consulting services chuyên nghiệp, giúp doanh nghiệp an tâm phát triển bền vững. Liên hệ ngay với MAN để được tư vấn các giải pháp quản trị rủi ro thuế tối ưu nhất.

Service contact information at MAN – Master Accountant Network

• Address: Số 19A, Đường 43, Phường Tân Thuận, TP. Hồ Chí Minh
• Mobile/Zalo: 0903 963 163 – 0903 428 622
• E-mail: man@man.net.vn
• Google Business Profile: Xem Google Business Profile của MAN – Master Accountant Network 
• LinkedIn Founder: Xem hồ sơ LinkedIn của chuyên gia  Lê Hoàng Tuyên 

Phụ trách sản xuất và kiểm duyệt nội dung chuyên môn bởi: Ông Le Hoang Tuyen – Sáng lập viên (Founder) & CEO MAN – Master Accountant Network, Kiểm toán viên CPA Việt Nam với hơn 30 năm kinh nghiệm trong lĩnh vực Kế toán, Kiểm toán, Thuế và Tư vấn Tài chính doanh nghiệp.

Những câu hỏi thường gặp về kiểm tra thuế

Tại sao doanh nghiệp bị kiểm tra dù không trốn thuế?

Kiểm tra tại trụ sở không đồng nghĩa với việc doanh nghiệp bị nghi ngờ trốn thuế. Đó có thể là hoạt động định kỳ để xác minh số liệu hoàn thuế hoặc do doanh nghiệp nằm trong nhóm ngành có rủi ro cao theo phân loại của cơ quan quản lý.

Cần chuẩn bị gì khi nhận thông báo kiểm tra tại trụ sở?

Doanh nghiệp cần rà soát lại toàn bộ hệ thống hóa đơn, chứng từ, sổ sách kế toán. Đảm bảo mọi giao dịch đều có căn cứ pháp lý và được hạch toán đúng kỳ. MAN khuyến nghị nên thực hiện tổng soát xét ngay khi nhận thông báo để giảm thiểu rủi ro.

Có được phép từ chối đoàn kiểm tra không?

Doanh nghiệp không được từ chối việc kiểm tra của cơ quan thuế nếu đã nhận quyết định hợp lệ. Tuy nhiên, doanh nghiệp có quyền giải trình và cung cấp bằng chứng để bảo vệ quyền lợi hợp pháp của mình trong quá trình làm việc với đoàn kiểm tra.

Nếu phát hiện sai sót trước khi kiểm tra thì sao?

Doanh nghiệp nên chủ động tự khai bổ sung và nộp đủ tiền thuế, tiền phạt nếu có theo quy định trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra tại trụ sở. Điều này sẽ giúp giảm nhẹ mức xử phạt đáng kể theo Luật Quản lý thuế.

Dịch vụ của MAN có thể hỗ trợ gì khi có đoàn kiểm tra?

MAN - Master Accountant Network hỗ trợ doanh nghiệp rà soát hồ sơ, xây dựng kịch bản giải trình và trực tiếp đồng hành cùng doanh nghiệp trong quá trình làm việc với đoàn kiểm tra. Chúng tôi đảm bảo doanh nghiệp luôn chủ động, chuyên nghiệp và bảo vệ tối đa quyền lợi của mình.